Seminář UPSY - Sumbalová L.: Aminokyselinové sítě a jejich aplikace

Proteiny jsou základním kamenem všech živých organismů. Pořadí aminokyselinových reziduí v sekvenci má vliv jak na strukturu proteinu, tak na jeho funkci. Proto je důležitá predikce důležitosti jednotlivých reziduí pro protein, ať už kvůli predikci vlivu substitucí na protein, tak i kvůli výběru vhodných míst pro mutagenezi. Jedním z přístupů k vyhledávání kritických reziduí v proteinech je analýza aminokyselinových sítí. Jedná se o grafovou reprezentaci struktury proteinu, na základě prametrů vypočtených z toho grafu je možné predikovat kritičnost jednotlivých reziduí. V rámci mých tezí jsem nastudovala současný stav aplikací aminokyselinových sítí pro predikci kritických reziduí a navrhla novou metodu, která kombinuje využití aminokyselinových sítí a biologické vlastnosti reziduí a využívá strojové učení.