MF Dnes: Střevní potíže mají řešit počítače

Datum vydání: 16.08.2018 | Zdroj: Mladá fronta DNES | Rubrika: Brno a jižní Morava | Strana 19 | Autor: Markéta Lankašová


Svět, o němž toho moc nevíme. To jsou podle Stanislava Smatany, doktorského studenta Fakulty informačních technologií z Vysokého učení technického v Brně, lidská střeva. Věří, že bakterie z nich mohou sloužit jako data, která pomohou s léčbou chronických onemocnění a s vývojem léků. 
Dlouhou dobu bylo velmi těžké a náročné bakterie zkoumat. Po vyjmutí z těla se totiž musí kultivovat. Podle Smatany velké množství bakterií v prostředí mimo střeva zahyne. "Dnes už máme metody, díky kterým můžeme sesbírat DNA všech bakterií ve vzorku a načíst ho rovnou do počítače. Nic už není potřeba laboratorně kultivovat. Problém, který tím ale vzniká, je, že vezmeme všechnu DNA, aniž bychom věděli, z jaké bakterie nebo odkud pochází. Máme tak obrovské množství dat, o kterém nevíme nic," přiblížil Smatana. 
Ve svém výzkumu se zaměřuje právě na to, jak informace oddělit a roztřídit. V počítači se totiž vědcům zobrazují jen jako dlouhé řady znaků. "Už jen určit, jaké druhy bakterií tam jsou, je strašně komplikované, protože jich poznáme jen zlomek," poznamenal Smatana. 
Rád by práci dotáhl tak daleko, aby v ideálním případě vědci vyjmuli ze střev vzorek, zanalyzovali a určili pomocí počítače bakterii. Podle toho by lékaři dokázali předepsat nejvhodnější lék nebo doporučit adekvátní stravu. Kdy to tak bude fungovat, je zatím ve hvězdách. Vysokoškolské výzkumy, testování v praxi a zisk potřebných povolení trvají i desítky let. 
Smatana si výzkum rozložil do dvou fází. V té první zjišťoval, které z dostupných nástrojů jsou pro analýzu nejvhodnější a jak je zkombinovat tak, aby mohl zpracovávat velké objemy dat. "Nyní zkoumám a snažím se implementovat metody, které spojují více informací dohromady. Máme totiž jednak data, která nám říkají, kdo ve střevě je, ale neříkají nic o tom, co se tam děje. To je statický obrázek. Pak máme informace o tom, jaké chemické látky se v daném vzorku nachází. To znamená, že víme, co se tam děje, ale ne, kdo to vykonává. To je dynamický obrázek," rozlišil student. Smatana se nyní snaží propojit statický obrázek s dynamickým, aby získal zároveň informace o tom, co je ve střevě za bakterie, ale také co tam dělají a jak se ovlivňují. Smatana není pouze doktorandem na VUT, ale působí i na Masarykově univerzitě, v Centru pro výzkum toxických látek v prostředí. Za své výzkumné téma obdržel letos prestižní ocenění Brno Ph. D. Talent. A zařadil se tak mezi 25 špičkových brněnských doktorandských studentů.