Detail produktu

SoluProt: prediction of soluble protein expression in Escherichia coli

Vznik: 2021

Název česky
SoluProt: predikce rozpustné exprese proteinů v Escherichia coli
Typ
software
Licence
podle podmínek - zdarma
Autoři
Hon Jiří, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT)
Marušiak Martin, Ing. (FIT VUT)
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT)
Kunka Antonín, Mgr., Ph.D. (LL)
Zendulka Jaroslav, doc. Ing., CSc. (UIFS FIT VUT)
Bednář David, Mgr. (LL)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (LL)
Popis

Byl vytvořen nový nástroj SoluProt pro predikci rozpustné exprese v organismu Escherichia coli s použitím metody gradient boosting machine a databáze TargetTrack jako trénovací sady. Srovnání na nezávislé vyvážené datové sadě odvozené z databáze NESG ukázalo vyšší přesnost (58,4%) a AUC (0.62) nástroje SoluProt oproti existujícím nástrojům. Ukázalo se, že SoluProt dokáže významně zvýšit úspěšnost laboratorních proteinových studií. SoluProt je volně k dispozici jako samostatně spustitelný software a uživatelsky přívětivý webový server na adrese https://loschmidt.chemi.muni.cz/soluprot/.

Umístění
Projekty
Nahoru