Detail publikace

digIS: Towards detecting distant and putative novel insertion sequences in prokaryotic genomes

PUTEROVÁ Janka a MARTÍNEK Tomáš. digIS: Towards detecting distant and putative novel insertion sequences in prokaryotic genomes. BMC Bioinformatics, roč. 22, č. 258, 2021, s. 1-20. ISSN 1471-2105. Dostupné z: https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-021-04177-6#article-info
Název česky
digIS: Směrem k detekci vzdálených a domnělých nových inzerčních sekvencí v prokaryotických genomech
Typ
článek v časopise
Jazyk
angličtina
Autoři
URL
Klíčová slova

inzertní sekvence, mobilní element, skryté Markovove modely, prokaryotické genomy, anotace genomu

Abstrakt


Inzerční sekvence (prvky IS) představují nejmenší a nejhojnější mobilní prvky v prokaryotických genomech. Bylo prokázáno, že hrají významnou roli v organizaci a vývoji genomu. Pro lepší pochopení jejich funkce v hostitelském genomu je žádoucí mít k dispozici efektivní detekční a anotační nástroj. Tato potřeba se stává ještě důležitější při zvažování rychle rostoucích genomických a metagenomických dat. Stávající nástroje pro detekci a anotaci prvků IS jsou obvykle založeny na porovnání podobnosti sekvencí s databází známých rodin IS. Mají tedy omezenou schopnost objevovat vzdálené a domnělé nové prvky IS.

V tomto příspěvku představujeme digIS, softwarový nástroj založený na profilových skrytých Markovových modelech sestavených z katalytických domén transpozáz. Ukazuje velmi dobré výsledky při detekci známých prvků IS při testování na datových sadách s ručně upravenou anotací. Hlavní přínos nástroje digIS spočívá v jeho schopnosti detekovat vzdálené a domnělé nové prvky IS při zachování mírné úrovně falešně pozitivních výsledků. V této kategorii překonává stávající nástroje, zejména při testování na velkých datových sadách archaeálnych a bakteriálních genomů.

Poskytujeme digIS, softwarový nástroj využívající nový přístup založený na ručně upravených profilových skrytých Markovových modelech, který je schopen detekovat vzdálené a domnělé nové prvky IS. Ačkoli digIS dokáže najít i známé prvky IS, očekáváme, že jej budou používat především vědci, kteří mají zájem o nalezení nových prvků IS. Nástroj je k dispozici na https://github.com/janka2012/digIS.

Rok
2021
Strany
1-20
Časopis
BMC Bioinformatics, roč. 22, č. 258, ISSN 1471-2105
Vydavatel
Springer Science+Business Media B.V.,
DOI
UT WoS
000655054900001
EID Scopus
BibTeX
@ARTICLE{FITPUB12067,
   author = "Janka Puterov\'{a} and Tom\'{a}\v{s} Mart\'{i}nek",
   title = "digIS: Towards detecting distant and putative novel insertion sequences in prokaryotic genomes",
   pages = "1--20",
   journal = "BMC Bioinformatics",
   volume = 22,
   number = 258,
   year = 2021,
   ISSN = "1471-2105",
   doi = "10.1186/s12859-021-04177-6",
   language = "english",
   url = "https://www.fit.vut.cz/research/publication/12067"
}
Nahoru