Detail práce

Porovnání eukaryotních genomů

Diplomová práce Student: Puterová Janka Akademický rok: 2014/2015 Vedoucí: Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D.
Název anglicky
Eucaryotic Genomes Comparison
Jazyk práce
český
Abstrakt
Hlavním motivem pro vznik této diplomové práce byla potřeba kvalitních bioinformatických nástrojů, které slouží na porovnávání genomů a vylepšení jednoho z existujících nástrojů - RepeatExplorer. Práce přináší přehled transposibilních elementů v DNA, existujících nástrojů určených pro identifikaci a analýzu repetic v nasekvenovaných genomech. V práci jsou popsány nedostatky nástroje RepeatExplorer se zaměřením na komparativní analýzu genomů. Byly navrženy a implementovány dvě řešení k odstranění těchto nedostatků. První řešení je určeno na porovnávání dvojic genomů. Princip tohoto řešení je založen na porovnávání podobnosti rozložení pokrytí contigů prostřednictvím Kolmogorov-Smirnova testu, díky čemu víme určiť rozdílné místa v genomech. Druhé řešení, které slouží k porovnávání více genomů, je založeno na metodě mapování readů porovnávaných genomů na contigy referenčního genomu a poskytuje grafy s pokrytím contigů, pomocí kterých víme určit variabilitu repetic. Funkčnost byla ověřena na reálných NGS datech organizmu Silene latifolia.
Klíčová slova

transposony, sekvenace nové generace, NGS, LTR, repetice, RepeatExplorer, shlukování, porovnávání genomů

Ústav
Studijní program
Informační technologie, obor Bioinformatika a biocomputing
Soubory
Stav
obhájeno, hodnocení A
Obhajoba
24. června 2015
Oponent
Průběh obhajoby

Studentka nejprve prezentovala výsledky, kterých dosáhla v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Studentka následně odpověděla na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studentky na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm "A".

Otázky u obhajoby
  1. V sekcii 3.4 popisujete nástroj RepeatExplorer a jednotlivé kroky analýzy. Z časti o identifikácii proteínových domén vyplýva, že nástroj funguje len na LTR retroelementy. Je možné ho použiť aj na iné typy repetitívnych sekvencií?
  2. Na odhad zastúpenia jednotlivých transpozónových rodín navrhujete dve sumarizačné metriky (vzťahy 6.2 a 6.3). Zhodnoťte, ako veľmi sa ich výsledky líšia na reálnych dátach.
Komise
Sekanina Lukáš, prof. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), předseda
Bartík Vladimír, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT), člen
Holík Lukáš, doc. Mgr., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), člen
Šaloun Petr, doc. RNDr., Ph.D. (VŠB-TUO), člen
Zbořil František, doc. Ing., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Citace
PUTEROVÁ, Janka. Porovnání eukaryotních genomů. Brno, 2015. Diplomová práce. Vysoké učení technické v Brně, Fakulta informačních technologií. 2015-06-24. Vedoucí práce Martínek Tomáš. Dostupné z: https://www.fit.vut.cz/study/thesis/17115/
BibTeX
@mastersthesis{FITMT17115,
    author = "Janka Puterov\'{a}",
    type = "Diplomov\'{a} pr\'{a}ce",
    title = "Porovn\'{a}n\'{i} eukaryotn\'{i}ch genom\r{u}",
    school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}",
    year = 2015,
    location = "Brno, CZ",
    language = "czech",
    url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/17115/"
}
Nahoru