Detail práce

Dotazovací jazyk pro databáze biologických dat

Diplomová práce Student: Bahurek Tomáš Akademický rok: 2014/2015 Vedoucí: Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D.
Název anglicky
Query Language for Biological Databases
Jazyk práce
český
Abstrakt

S rapidně stoupajícím množstvím biologických dat stoupá i důležitost biologických databází. U těchto databází je nezbytné objevování znalostí (nalezení spojitostí, které nebyli známé v čase vkládání dat). K získávání znalostí z biologických databází je nutná konstrukce složitých SQL dotazů, což vyžaduje pokročilou znalost SQL a použitého databázového sché- matu. Biologové většinou tyto znalosti nemají, proto je potřeba nástroje, který by poskytl intuitivnějšího rozhrání pro tyto databáze. Tato práce navrhuje ChQL, intuitivní dotazovací jazyk pro databázi biologických dat Chado. ChQL umožňuje biologům poskládat dotaz za použití pojmů, které dobře znají bez nutnosti znát SQL nebo použité schéma. Tato práce implementuje aplikaci pro dotazování databáze Chado pomocí ChQL. Webové rozhrání provede uživatele procesem zostavení věty jazyka ChQL. Aplikace přeloží tuto větu do SQL dotazu, odešle jej do databáze Chado a zobrazí vrácená data v tabulce. Výsledky jsou vyhodnoceny testováním dotazů na reálných datech.

Klíčová slova

Dotazovací jazyk, Databáze biologických dat, Chado, Gene ontology, Sequence Ontology, Vaadin

Ústav
Ústav počítačových systémů FIT VUT v Brně
Studijní program
Informační technologie, obor Bioinformatika a biocomputing
Soubory
Stav
obhájeno, hodnocení A
Obhajoba
22. června 2015
Oponent
Vogel Ivan, Ing.
Průběh obhajoby

Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázku oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm "A".

Otázky u obhajoby
  1. Plánujete Váš realizačný výstup sprístupniť a otestovať v cieľovej komunite biológov?
Komise
Sekanina Lukáš, prof. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), předseda
Bartík Vladimír, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT), člen
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), člen
Meduna Alexander, prof. RNDr., CSc. (UIFS FIT VUT), člen
Steingartner William, Ing., Ph.D. (TUKE), člen
Zbořil František, doc. Ing., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Citace
BAHUREK, Tomáš. Dotazovací jazyk pro databáze biologických dat. Brno, 2015. Diplomová práce. Vysoké učení technické v Brně, Fakulta informačních technologií. 2015-06-22. Vedoucí práce Martínek Tomáš. Dostupné z: https://www.fit.vut.cz/study/thesis/17116/
BibTeX 
@mastersthesis{FITMT17116,
    author = "Tom\'{a}\v{s} Bahurek",
    type = "Diplomov\'{a} pr\'{a}ce",
    title = "Dotazovac\'{i} jazyk pro datab\'{a}ze biologick\'{y}ch dat",
    school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}",
    year = 2015,
    location = "Brno, CZ",
    language = "czech",
    url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/17116/"
}

Závěrečné práce

Nahoru