Detail práce

Lokalizace metylačních míst transposonů

Diplomová práce Student: Kmeť Miroslav Akademický rok: 2014/2015 Vedoucí: Vogel Ivan, Ing.
Název anglicky
Localization of Methylation Sites in Transposons
Jazyk práce
český
Abstrakt

Tato diplomová práce se zabývá realizací nástroje na extrakci metylační úrovně transpozonových sekvencí. Transpozony jsou prvky DNA schopné množení nebo přemístňování a jejich aktivita je regulována mechanismem metylace DNA. Informace o metylovaných pozicích jednotlivých sekvencí je uložená v bisulfitových datech a pro jejich zpracování jsou využívány části existujících nástrojů v kombinaci s vytvořenými moduly. Vzniklý nástroj zohledňuje unikátní výzvy, které transpozónové sekvence přináší do procesu analýzy metylace a jeho funkcionalita je prezentováná na sadě experimentů se simulačními a reálnými daty.

Klíčová slova

transpozony, metylace, DNA, bisulfitové sekvenování, next-generation sekvenování, 3-písmenové mapování, extrakce metylace

Ústav
Ústav informačních systémů FIT VUT v Brně
Studijní program
Informační technologie, obor Bioinformatika a biocomputing
Soubory
Stav
obhájeno, hodnocení B
Obhajoba
22. června 2015
Oponent
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D.
Průběh obhajoby

Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm "B".

Otázky u obhajoby
  1. Dle metodiky mapujete vstupní sadu readů na referenční sadu readů jednotlivých rodin transpozonů. Jaké má tento krok výhody oproti mapování vstupních readů na konsensuální sekvence rodin transpozonů?
  2. Z experimentálních výsledků plyne, že kvalitu predikce snižuje především proces mapování. Zkoumal jste blíže, proč je kvalita mapování tak nízká resp. napadají vás nějaké možnosti, jak by se jeho úspěšnost dala zvýšit?
Komise
Sekanina Lukáš, prof. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), předseda
Bartík Vladimír, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT), člen
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), člen
Meduna Alexander, prof. RNDr., CSc. (UIFS FIT VUT), člen
Steingartner William, Ing., Ph.D. (TUKE), člen
Zbořil František, doc. Ing., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Citace
KMEŤ, Miroslav. Lokalizace metylačních míst transposonů. Brno, 2015. Diplomová práce. Vysoké učení technické v Brně, Fakulta informačních technologií. 2015-06-22. Vedoucí práce Vogel Ivan. Dostupné z: https://www.fit.vut.cz/study/thesis/17456/
BibTeX 
@mastersthesis{FITMT17456,
    author = "Miroslav Kme\v{t}",
    type = "Diplomov\'{a} pr\'{a}ce",
    title = "Lokalizace metyla\v{c}n\'{i}ch m\'{i}st transposon\r{u}",
    school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}",
    year = 2015,
    location = "Brno, CZ",
    language = "czech",
    url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/17456/"
}

Závěrečné práce

Nahoru