Detail práce
Klasifikace malých nekódujících RNA
Tato diplomová práce opisuje návrh a implementaci nástroje pro klasifikaci rostlinných microRNA bez genomu. Použity jsou vlastnosti mature a star sekvencí v microRNA duplexech. Implementována metoda je založena na shlukování RNA sekvencí (nástrojem CD-HIT), hlavne pro redukci jejich počtu. Vybraní reprezentanti z jednotlivých shluků jsou klasifikováni použitím support vector machine. Výkonnost klasifikace je víc než 96% (na základě metody cross-validation, využitím trénovacích dat).
malé nekódující RNA, miRNA, centrální dogma molekulární biologie, CD-HIT, next-generation sekvenování, zhlukování sekvencí, cross-validation, support vector machine, klasifikace rostlinných miRNA, duplex
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm "D".
- V rámci hledání vhodných parametrů procesu shlukování přidáváte k referenční sadě sekvencí i neklasifikovaná vstupní data. Dokázal by jste vysvětlit, v čem je tento postup výhodnější oproti použití samotné referenční sady?
- V rámci metodiky vytvoření negativní datové sady pro SVM klasifikátor používáte neklasifikovaná vstupní data, což snižuje její věrohodnost. Napadá vás způsob, jak negativní datovou sadu vytvořit pouze s využitím referenčních sekvencí miRNA?
Bartík Vladimír, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT), člen
Holík Lukáš, doc. Mgr., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), člen
Šaloun Petr, doc. RNDr., Ph.D. (VŠB-TUO), člen
Zbořil František, doc. Ing., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
@mastersthesis{FITMT17473, author = "Tom\'{a}\v{s} \v{Z}ig\'{a}rdi", type = "Diplomov\'{a} pr\'{a}ce", title = "Klasifikace mal\'{y}ch nek\'{o}duj\'{i}c\'{i}ch RNA", school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}", year = 2015, location = "Brno, CZ", language = "czech", url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/17473/" }