Detail práce

Klasifikace malých nekódujících RNA

Diplomová práce Student: Žigárdi Tomáš Akademický rok: 2014/2015 Vedoucí: Vogel Ivan, Ing.
Název anglicky
Classification of Small Noncoding RNAs
Jazyk práce
český
Abstrakt

Tato diplomová práce opisuje návrh a implementaci nástroje pro klasifikaci rostlinných microRNA bez genomu. Použity jsou vlastnosti mature a star sekvencí v microRNA duplexech. Implementována metoda je založena na shlukování RNA sekvencí (nástrojem CD-HIT), hlavne pro redukci jejich počtu. Vybraní reprezentanti z jednotlivých shluků jsou klasifikováni použitím support vector machine. Výkonnost klasifikace je víc než 96% (na základě metody cross-validation, využitím trénovacích dat).

Klíčová slova

malé nekódující RNA, miRNA, centrální dogma molekulární biologie, CD-HIT, next-generation sekvenování, zhlukování sekvencí, cross-validation, support vector machine, klasifikace rostlinných miRNA, duplex

Ústav
Studijní program
Informační technologie, obor Bioinformatika a biocomputing
Soubory
Stav
obhájeno, hodnocení D
Obhajoba
24. června 2015
Oponent
Průběh obhajoby

Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm "D".

Otázky u obhajoby
  1. V rámci hledání vhodných parametrů procesu shlukování přidáváte k referenční sadě sekvencí i neklasifikovaná vstupní data. Dokázal by jste vysvětlit, v čem je tento postup výhodnější oproti použití samotné referenční sady?
  2. V rámci metodiky vytvoření negativní datové sady pro SVM klasifikátor používáte neklasifikovaná vstupní data, což snižuje její věrohodnost. Napadá vás způsob, jak negativní datovou sadu vytvořit pouze s využitím referenčních sekvencí miRNA?
Komise
Sekanina Lukáš, prof. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), předseda
Bartík Vladimír, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT), člen
Holík Lukáš, doc. Mgr., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), člen
Šaloun Petr, doc. RNDr., Ph.D. (VŠB-TUO), člen
Zbořil František, doc. Ing., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Citace
ŽIGÁRDI, Tomáš. Klasifikace malých nekódujících RNA. Brno, 2015. Diplomová práce. Vysoké učení technické v Brně, Fakulta informačních technologií. 2015-06-24. Vedoucí práce Vogel Ivan. Dostupné z: https://www.fit.vut.cz/study/thesis/17473/
BibTeX
@mastersthesis{FITMT17473,
    author = "Tom\'{a}\v{s} \v{Z}ig\'{a}rdi",
    type = "Diplomov\'{a} pr\'{a}ce",
    title = "Klasifikace mal\'{y}ch nek\'{o}duj\'{i}c\'{i}ch RNA",
    school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}",
    year = 2015,
    location = "Brno, CZ",
    language = "czech",
    url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/17473/"
}
Nahoru