Detail práce

Predikce vazebních míst proteinu p53

Diplomová práce Student: Radakovič Jozef Akademický rok: 2014/2015 Vedoucí: Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D.
Název anglicky
Prediction of p53 Protein Binding Sites
Jazyk práce
český
Abstrakt

Proteín p53, ktorý je kódovaný génom TP53 zohráva významnú úlohu v bunečnom cykle, ako regulátor transkripcie génov pri reakcii bunky na stresové podnety, čím funguje ako potláčateľ rakoviny. Pochopenie spôsobu jeho regulácie ako aj jeho väzby na regulovaný gén je jedným z hlavných záujmov moderného výskumu v genetike a bioinformatike. V prvej časti tejto práce predstavujeme nevyhnutné poznatky z molekulárnej biológie nutné k pochopeniu spôsobu regulácie proteínu p53 a úvod do analýzy a predikcie väzobných miest transkripčných faktorov. V druhej časti sa venujeme implementovaniu a testovaniu nami vytvoreného nástroja, ktorý bude schopný tieto väzobné miesta pre proteín p53 predikovať.

Klíčová slova

DNA, proteín p53, transkripčné faktory, Skryté Markovské Modely, HMM

Ústav
Ústav počítačových systémů FIT VUT v Brně
Studijní program
Informační technologie, obor Inteligentní systémy
Soubory
Stav
obhájeno, hodnocení E
Obhajoba
24. června 2015
Oponent
Vogel Ivan, Ing.
Průběh obhajoby

Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm E.

Otázky u obhajoby
  1. Špecifikujte databázy súvisiace s väzobnými miestami transkripčných faktorov, s ktorými ste sa stretli počas práce na diplomovej práci.
  2. Načrtnite, aké typy rysov/modelov by potenciálne mohli predikciu spresniť.
Komise
Zbořil František V., doc. Ing., CSc. (UITS FIT VUT), předseda
Bidlo Michal, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), člen
Češka Milan, prof. RNDr., CSc. (UITS FIT VUT), člen
Lucká Mária, prof. RNDr., Ph.D. (FIIT STU), člen
Očenášek Pavel, Mgr. Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT), člen
Švéda Miroslav, prof. Ing., CSc. (UIFS FIT VUT), člen
Citace
RADAKOVIČ, Jozef. Predikce vazebních míst proteinu p53. Brno, 2015. Diplomová práce. Vysoké učení technické v Brně, Fakulta informačních technologií. 2015-06-24. Vedoucí práce Martínek Tomáš. Dostupné z: https://www.fit.vut.cz/study/thesis/17962/
BibTeX 
@mastersthesis{FITMT17962,
    author = "Jozef Radakovi\v{c}",
    type = "Diplomov\'{a} pr\'{a}ce",
    title = "Predikce vazebn\'{i}ch m\'{i}st proteinu p53",
    school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}",
    year = 2015,
    location = "Brno, CZ",
    language = "czech",
    url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/17962/"
}

Závěrečné práce

Nahoru