Detail práce

Optimalizace algoritmu pro detekci G-kvadruplexů

Bakalářská práce Student: Labudová Dominika Akademický rok: 2018/2019 Vedoucí: Hon Jiří, Ing., Ph.D.
Název anglicky
Optimization of G-Quadruplex Identification Algorithm
Jazyk práce
český
Abstrakt

Detekcia G-kvadruplexov v DNA bola v posledných rokoch cieľom viacerých štúdií. Dôsledkom bol vznik viacerých identifikačných nástrojov. Táto bakalárska práca sa zameriava na analýzu a optimalizáciu nástroja pqsfinder ako aj vytvorenie užívateľského rozhrania pre tento nástroj. Optimalizácia poskytla významný nárast v rýchlosti algoritmu a taktiež jeho schopnosti spracovávať dlhé DNA sekvencie. Užívateľské rozhranie bolo navrhnuté a implementované za použitia moderných a efektívnych technológií s dôrazom na užívateľskú prívetivosť webovej aplikácie.

Klíčová slova

DNA, G-kvadruplex, analýza, optimalizácia, webová aplikácia, GUI, React

Ústav
Ústav informačních systémů FIT VUT v Brně
Studijní program
Informační technologie
Soubory
Stav
obhájeno, hodnocení A
Obhajoba
13. června 2019
Oponent
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D.
Průběh obhajoby

Studentka nejprve prezentovala výsledky, kterých dosáhla v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Studentka následně odpověděla na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studentky na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm výborně (A).

Otázky u obhajoby
  • V práci ohodnocujete dopad obou optimalizací (omezení počtu rekurzivního volání a náhradu funkce exp) na výkonnost nástroje, přičemž obě techniky aplikujete současně. Jaký by byl efekt těchto optimalizací aplikovaných samostatně?
  • Na obrázku 4.5 ukazujete určitou anomálii ve výkonnosti programu v závislosti na obsahu G ve vstupní sekvenci. Dokázala byste ji zdůvodnit?


Komise
Sekanina Lukáš, prof. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), předseda
Fuchs Petr, RNDr., Ph.D. (UMAT FEKT VUT), člen
Křivka Zbyněk, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT), člen
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), člen
Zbořil František V., doc. Ing., CSc. (UITS FIT VUT), člen
Citace
LABUDOVÁ, Dominika. Optimalizace algoritmu pro detekci G-kvadruplexů. Brno, 2019. Bakalářská práce. Vysoké učení technické v Brně, Fakulta informačních technologií. 2019-06-13. Vedoucí práce Hon Jiří. Dostupné z: https://www.fit.vut.cz/study/thesis/20792/
BibTeX 
@bachelorsthesis{FITBT20792,
    author = "Dominika Labudov\'{a}",
    type = "Bakal\'{a}\v{r}sk\'{a} pr\'{a}ce",
    title = "Optimalizace algoritmu pro detekci G-kvadruplex\r{u}",
    school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}",
    year = 2019,
    location = "Brno, CZ",
    language = "czech",
    url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/20792/"
}

Závěrečné práce

Nahoru