Detail práce

Bioinformatic Tool for Estimation of Abundances of Bacterial Functional Molecules in Biological Samples Based on 16S rRNA Metagenomic Data

Diplomová práce Student: Bieliková Michaela Akademický rok: 2018/2019 Vedoucí: Smatana Stanislav, Ing.
Název česky
Bioinformatický nástroj pro odhad abundance bakteriálních funkčních molekul v biologických vzorcích na základě metagenomických dat 16S rRNA
Jazyk práce
anglický
Abstrakt

Ľudské telo je prostredím pre život neuveriteľného množstva mikróbov. Niektoré z nich môžu spôsobovať rôzne choroby, ale ďalšie, napríklad črevný mikrobióm, sú pre život a zdravie človeka nepostrádateľné. Nanešťastie, črevný mikrobióm nie je detailne preštudovaný, pretože obsahuje tisíce rôznych druhov baktérií, z ktorých väčšina sa nedá kultivovať v laboratórnych podmienkach. Riešením tohto problému sú nové rýchle metódy sekvenovania v kombináciou s bioinformatickými nástrojmi na výpočet funkčného profilu baktérií vo vzorke. V tejto práci si predstavíme existujúce nástroje predpovedajúce funkčný profil, a následne navrhneme nový nástroj, ktorý môže implementovať konsenzus nad výsledkami existujúcich nástrojov, alebo sa môže jednať o úplne nový nástroj.

Klíčová slova

bioinformatika, metagenomika, bakteriální funkční profil, KO profil, 16S rRNA, PiCRUST

Ústav
Studijní program
Informační technologie, obor Bioinformatika a biocomputing
Soubory
Stav
obhájeno, hodnocení A
Obhajoba
20. června 2019
Oponent
Průběh obhajoby

Studentka nejprve prezentovala výsledky, kterých dosáhla v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Studentka následně odpověděla na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studentky na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm A.

Otázky u obhajoby
  1. Při generování testovacích metagenomických vzorků používáte organismy se známým i neznámým funkčním profilem. Co kdybyste generovala testovací vzorky tak, že by obsahovaly pouze organismy s neznámým funkčním profilem? Jaký vliv by to mělo na vyhodnocení?
  2. U metody založené na fylogenetickém stromu popisujete algoritmus hledání nejbližších organismů. Využíváte v něm délky hran v daném fylogenetickém stromu?
Komise
Sekanina Lukáš, prof. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), předseda
Grégr Matěj, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT), člen
Holík Lukáš, doc. Mgr., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), člen
Matoušek Radomil, doc. Ing., Ph.D. (ÚAI FSI VUT), člen
Ryšavý Ondřej, doc. Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT), člen
Citace
BIELIKOVÁ, Michaela. Bioinformatic Tool for Estimation of Abundances of Bacterial Functional Molecules in Biological Samples Based on 16S rRNA Metagenomic Data. Brno, 2019. Diplomová práce. Vysoké učení technické v Brně, Fakulta informačních technologií. 2019-06-20. Vedoucí práce Smatana Stanislav. Dostupné z: https://www.fit.vut.cz/study/thesis/21657/
BibTeX
@mastersthesis{FITMT21657,
    author = "Michaela Bielikov\'{a}",
    type = "Diplomov\'{a} pr\'{a}ce",
    title = "Bioinformatic Tool for Estimation of Abundances of Bacterial Functional Molecules in Biological Samples Based on 16S rRNA Metagenomic Data",
    school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}",
    year = 2019,
    location = "Brno, CZ",
    language = "english",
    url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/21657/"
}
Nahoru