Detail práce

Vyhledávání příbuzných enzymů

Bakalářská práce Student: Borko Simeon Akademický rok: 2019/2020 Vedoucí: Hon Jiří, Ing., Ph.D.
Jazyk práce
slovenský
Abstrakt

Milióny nových proteínov, ktoré sa objavujú každý rok, nie je možné charakterizovať klasickými biochemickými metódami pre ich časovú náročnosť a cenu. Medzi nepreskúmanými proteínami sa môžu nachádzať enzýmy uplatniteľné v priemysle i v univerzitnom prostredí, najmä na ekologickú výrobu chemických zlúčenín. Výsledkom práce je webová aplikácia, ktorá na základe vstupných proteínov vyhľadá v databáze podobné proteíny, ktoré prefiltruje pomocou esenciálnych rezíduí vstupných proteínov a označí ich ako domnelé biokatalyzátory. K získaným proteínom sa pridajú anotácie, aby sa mohol používateľ informovane rozhodnúť, ktoré proteíny podrobí experimentálnemu overeniu v laboratóriu. Vytvorený nástroj uľahčuje viackrokovú analýzu a poskytuje návrhy proteínov na experimentálne overenie ich enzymatickej funkcie. Webové rozhranie je voľne dostupné na https://loschmidt.chemi.muni.cz/enzymeminer/. Nástroj bol publikovaný v medzinárodnom časopise Nucleic Acids Research.

Klíčová slova

dolovanie enzýmov, nové biokatalyzátory, vyhľadávanie príbuzných proteínov, predikcia funkcie proteínu, overenie katalytickej funkcie, katalytické rezíduá, esenciálne rezíduá, bioinformatika, haloalkán dehalogenázy

Ústav
Ústav informačních systémů FIT VUT v Brně
Studijní program
Informační technologie
Soubory
Stav
obhájeno, hodnocení A
Obhajoba
13. července 2020
Oponent
Smatana Stanislav, Ing.
Průběh obhajoby

Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm A.

Otázky u obhajoby

  1. Vo vašom návrhu uvádzate, že prítomnosť esenciálnych rezíduií sa overuje najprv na základe párového zarovnania sekvencií a následne pomocou viacnásobného zarovnania sekvencií. Prečo je podľa Vás potrebné overenie pomocou párového aj  viacnásobného zarovnania sekvencií? Prečo ste sa rozhodol v prípade filtrácie na základe viacnásobného zarovnania práve pre dve iterácie?

  2. Slabšou stránkou Vášho realizačného výstupu je dĺžka trvania výpočtu. Ktoré časti výpočtu považujete za časovo najnáročnejšie? Akým spôsobom by ste mohli v týchto častiach výpočet urýchliť?

  3. Dokázal byste říct, jestli třetí iterací kvalitu zvýšíte?
  4. Používáte metacentrum, používáte ho k paralelnímu běhu?
  5. Jaké je měřítko zobrazení sítě podobnosti?
  6. Je vaším přínosem spojení nástrojů a získání nových znalostí nebo nějaká nová metoda?
Komise
Sekanina Lukáš, prof. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), předseda
Beran Vítězslav, doc. Ing., Ph.D. (UPGM FIT VUT), člen
Holík Lukáš, doc. Mgr., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Jaroš Jiří, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), člen
Křivka Zbyněk, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT), člen
Citace
BORKO, Simeon. Vyhledávání příbuzných enzymů. Brno, 2020. Bakalářská práce. Vysoké učení technické v Brně, Fakulta informačních technologií. 2020-07-13. Vedoucí práce Hon Jiří. Dostupné z: https://www.fit.vut.cz/study/thesis/22863/
BibTeX 
@bachelorsthesis{FITBT22863,
    author = "Simeon Borko",
    type = "Bakal\'{a}\v{r}sk\'{a} pr\'{a}ce",
    title = "Vyhled\'{a}v\'{a}n\'{i} p\v{r}\'{i}buzn\'{y}ch enzym\r{u}",
    school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}",
    year = 2020,
    location = "Brno, CZ",
    language = "slovak",
    url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/22863/"
}

Závěrečné práce

Nahoru