Detail práce

Interactive Database for the Storage and Maintenance of the Biological Data

Diplomová práce Student: Dúbrava Juraj Ondrej Akademický rok: 2020/2021 Vedoucí: Musil Miloš, Ing., Ph.D.
Název česky
Interaktivní databáze pro úschovu a údržbu biologických dat
Jazyk práce
anglický
Abstrakt

Cieľom tejto práce je vytvorenie novej databázy dát pre proteínovú stabilitu, ktorá bude udržiavať a poskytovať experimentálne dáta. Výsledkom práce je databáza FireProtDB, ktorá poskytuje manuálne overené experimentálne dáta z dostupných zdrojov a implementuje grafické užívateľské rozhranie, ktoré poskytuje dôležité informácie o dátach spoločne s možnosťou vyhľadávania umožňujúcim vytvárať dotazy na mieru a cieliacim na užívateľov, ktorí hľadajú dáta pre vytváranie dátových sád pre nástroje využívajúce strojové učenie.

Klíčová slova

proteínová stabilita, mutácie, databáza, strojové učenie, manuálna kontrola

Ústav
Studijní program
Informační technologie, obor Bioinformatika a biocomputing
Soubory
Stav
obhájeno, hodnocení A
Obhajoba
21. června 2021
Oponent
Průběh obhajoby

Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných (např. počet návštěvníků vytvořené databáze, podíl na vytvořené vědecké publikaci, ověření současných dat členy týmu a délka validačního procesu). Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm A - výborně.

Otázky u obhajoby
  1. Proč se databáze zaměřuje pouze na jednobodové mutace resp. vidíte možnost rozšíření vaší práce i o vícebodové mutace? 
  2. Mohou externí uživatelé i přispívat do vytvořené databáze popř. jak plánujete do budoucna udržovat obsah databáze aktuální? 
Komise
Sekanina Lukáš, prof. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), předseda
Drábek Vladimír, doc. Ing., CSc. (UPSY FIT VUT), člen
Fučík Otto, doc. Dr. Ing. (UPSY FIT VUT), člen
Křivka Zbyněk, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT), člen
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), člen
Smrčka Aleš, Ing., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Citace
DÚBRAVA, Juraj. Interactive Database for the Storage and Maintenance of the Biological Data. Brno, 2021. Diplomová práce. Vysoké učení technické v Brně, Fakulta informačních technologií. 2021-06-21. Vedoucí práce Musil Miloš. Dostupné z: https://www.fit.vut.cz/study/thesis/23790/
BibTeX
@mastersthesis{FITMT23790,
    author = "Ondrej Juraj D\'{u}brava",
    type = "Diplomov\'{a} pr\'{a}ce",
    title = "Interactive Database for the Storage and Maintenance of the Biological Data",
    school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}",
    year = 2021,
    location = "Brno, CZ",
    language = "english",
    url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/23790/"
}
Nahoru