Detail práce
Novel Methods for Semi-Quantitative Analysis of Biochemical Systems
Cílem této práce je poskytnout nové metody pro analýzu stochastických biochemických systémů. V práci je představena nová třída populační abstrakce založené na Diracových semi-Markovových procesech. Na této abstrakci je popsán algoritmus pro výpočet transientní analýzy a také jsou prezentovány nové časované logické formule umožňující ověření vlastností zajímavých pro biology. Dále je představen a implementován model-checking algoritmus pro tyto formule. Rovněž jsou popsány předběžné experimenty ukazující potenciál tohoto přístupu.
Bio-chemické systémy, Markovovy řetězce se spojitým časem, Sítě chemických reakcí, Model-checking
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm C.
1) Kapitola 3.2 ilustruje vhodnost DSMP abstrakce pomocí simulace, kde se porovnává jeden běh CTMC a jeden běh DSMP. Avšak v obou dvou případech se jedná pouze o jeden běh pravděpodobnostního systému. Nebylo by tedy vhodnější nasbírat statistiky z nekolika běhů, případně použít model checking?
2) Popište detailněji postup konstrukce DSMP ze zadané CRN. Konkrétněji, jak se určí exit rate a výstupní pravděpodobnosti pro abstraktní stav?
3) Dotaz na popis obrázku abstraktních stavů.
Kořenek Jan, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), člen
Peringer Petr, Dr. Ing. (UITS FIT VUT), člen
Ryšavý Ondřej, doc. Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT), člen
@bachelorsthesis{FITBT24079,
author = "Jan B\'{i}l",
type = "Bakal\'{a}\v{r}sk\'{a} pr\'{a}ce",
title = "Novel Methods for Semi-Quantitative Analysis of Biochemical Systems",
school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}",
year = 2021,
location = "Brno, CZ",
language = "english",
url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/24079/"
}