Detail produktu
R/Bioconductor package for identification of triplex-forming sequences
Vznik: 2013
Název česky
R/Bioconductor balíček pro identifikaci sekvencí tvořících triplex
Typ
software
Licence
Využití výsledku jiným subjektem je v některých případech možné bez nabytí licence
Licenční poplatek
Poskytovatel licence na výsledek nepožaduje licenční poplatek
Autoři
Hon Jiří, Ing., Ph.D.
Lexa Matej, Ing., Ph.D. (DFIT-děkan)
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY)
Rajdl Kamil, Mgr.
Lexa Matej, Ing., Ph.D. (DFIT-děkan)
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY)
Rajdl Kamil, Mgr.
Klíčová slova
H-DNA; R/Bioconductor; pattern matching; dynamic programming; triplex; searching; annotation
Popis
Tento balíček poskytuje funkce pro identifikaci a vizualizaci potencionálních intramolekulární triplexů v DNA sekvencích. Hlavní funkcí tohoto balíčku je vyhledávání pozic podřetězců schopných schopných se sbalit do intramolekulárních triplexů (H-DNA) v rozsáhlých sekvencích. Potencionální H-DNA (triplexy) jsou tvořeny z co nejvíce kanonických nukleotidových tripletů. Balíček zahrnuje i vizualizaci nalezených výsledků ve 1D, 2D nebo 3D formě.
Umístění
Licenční podmínky
Volně šiřitelný software poskytovaný pod licencí BSD (přesné znění licence je dostupné na stránce http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php).
Projekty
Centrum excelence IT4Innovations, MŠMT, Operační program Výzkum a vývoj pro inovace, ED1.1.00/02.0070, zahájení: 2011-01-01, ukončení: 2015-12-31, ukončen
Výzkum informačních technologií z hlediska bezpečnosti, MŠMT, Institucionální prostředky SR ČR (např. VZ, VC), MSM0021630528, zahájení: 2007-01-01, ukončení: 2013-12-31, řešení
Výzkum informačních technologií z hlediska bezpečnosti, MŠMT, Institucionální prostředky SR ČR (např. VZ, VC), MSM0021630528, zahájení: 2007-01-01, ukončení: 2013-12-31, řešení
Pracoviště