Detail projektu

PGine: Py/Bioconda software package for calculation of polygenic risk score in plants

Období řešení: 1. 3. 2023 - 31. 12. 2023

Typ projektu: grant

Kód: FEKT/FIT-J-23-8274

Agentura: Vysoké učení technické v Brně

Program: Vnitřní projekty VUT

Název česky
PGine: Softwarový balík Py/Bioconda pro výpočet skóre polygenního rizika u rostlin
Typ
grant
Klíčová slova

Skóre polygenního rizika, genetická předpověď, 1001 genomů, centrální molekulární dogma, Arabidopsis thaliana

Abstrakt

Nejdůležitější vědecké výzvy souvisí se změnou klimatu. Důležitou roli hrají predikční algoritmy, včetně zlepšování šlechtění rostlin podle nových podmínek prostředí. Proto se tento projekt zaměřuje na výpočet pravděpodobnosti onemocnění člověka na základě genotypové informace skóre polygenního rizika. Hlavním cílem tohoto projektu je adaptovat tyto algoritmy na data závodu ve funkčním softwaru. Pomocí softwaru lze přinést nové poznatky o šlechtění rostlin a odhalit tak možná řešení klimatické krize.

Řešitelé
Schwarzerová Jana, Ing. et Ing., MSc (FEKT VUT) , hlavní řešitel
Hurta Martin, Ing. (UPSY FIT VUT)
Sekanina Lukáš, prof. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT)
Publikace

2023

  • HURTA Martin, SCHWARZEROVÁ Jana, PROVAZNÍK Valentine, WECKWERTH Wolfram, WALTHER Dirk a SEKANINA Lukáš. Utilizing Cartesian Genetic Programming for Efficient Polygenic Risk Score Calculation in Plants. Program and Abstract Book: Swedish Bioinformatics Workshop 2023. Stockholm, 2023. Detail
  • NAGELE Thomas, WECKWERTH Wolfram, HURTA Martin, SCHWARZEROVÁ Jana, SEKANINA Lukáš a PROVAZNÍK Valentine. Utilizing Genetic Programming to Enhance Polygenic Risk Score Calculation. In: 2023 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM 2023). Istanbul: Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2023, s. 3782-3787. ISBN 979-8-3503-3748-8. Detail
Nahoru