Detail publikace

In silico search for secondary structures in p53 target genes using R/Bioconductor

BRÁZDOVÁ Marie, MARTÍNEK Tomáš a LEXA Matej. In silico search for secondary structures in p53 target genes using R/Bioconductor. In: ITAT 2013: Information Technologies - Applications and Theory. Donovaly: CreativeSpace Independent Publishing Platform, 2013, s. 42-46. ISBN 978-1-4909-5208-6.
Název česky
Vyhledávání sekundárních struktur v cílových genech proteinu p53 s využitím prostředí R/Bioconductor
Typ
článek ve sborníku konference
Jazyk
angličtina
Autoři
Brázdová Marie, Mgr., Ph.D. (IBP)
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT)
Lexa Matej, Ing., Ph.D. (FI MUNI)
Abstrakt

p53 je dobře známý transkripční faktor potlačující rakovinu, který mimo jiné reguluje také další procesy jako je apoptóza nebo oprava DNA. Mutanti p53 jsou často nalézány u rakovin různého druhu. p53 se účastní v mnoha dalších procesů, přičemž v současnosti neznáme plný rozsah jeho funkcí. Je známo, že rozpoznává p53con sekvence skrze svoji specifickou doménu pro vazbu s DNA (DBD). Je také znám tím, že se nespecificky váže na DNA. Bylo ukázáno, že tato vazba využívá superhelikální DNA, přesněji struktury ve formě palindromů, triplexů a kvadruplexů. V naší laboratoři jsme se zabývali možnými souhrami mezi vazbami proteinu p53 a nekanonickými strukturami DNA a regulérními p53con vazebními místy. V rámci pokusu objasnit tyto souhry a objevit vhodné kandidátní geny pro další studium, jsme realizovali počítačovou studii na lidském genomu. Identifikovali jsme všechny výskyty potenciálních palindromů, triplexů, kvadruplexů a p53con vazebních míst v oblasti +/-40000 bp oholo známých genů. Analyzovali jsme statistickou významnost vzorů v těchto datech s využitím prostředí R/Bioconductor. Tento článek popisuje návrh výpočetní linky pro tento typ studie.

Rok
2013
Strany
42-46
Sborník
ITAT 2013: Information Technologies - Applications and Theory
Konference
Information Technology - Applications and Theory, Hotel Zornička, Donovaly, SK
ISBN
978-1-4909-5208-6
Vydavatel
CreativeSpace Independent Publishing Platform
Místo
Donovaly, SK
BibTeX 
@INPROCEEDINGS{FITPUB10455,
   author = "Marie Br\'{a}zdov\'{a} and Tom\'{a}\v{s} Mart\'{i}nek and Matej Lexa",
   title = "In silico search for secondary structures in p53 target genes using R/Bioconductor",
   pages = "42--46",
   booktitle = "ITAT 2013: Information Technologies - Applications and Theory",
   year = 2013,
   location = "Donovaly, SK",
   publisher = "CreativeSpace Independent Publishing Platform",
   ISBN = "978-1-4909-5208-6",
   language = "english",
   url = "https://www.fit.vut.cz/research/publication/10455"
}
Nahoru