Fakulta informačních technologií VUT v Brně

Detail publikace

The slowdown of Y chromosome expansion in dioecious Silene latifolia due to DNA loss and male-specific silencing of retrotransposons.

PUTEROVÁ Janka, KUBÁT Zdeněk, KEJNOVSKÝ Eduard, JESIONEK Wojciech, ČÍŽKOVÁ Jana, VYSKOT Boris a HOBZA Roman. The slowdown of Y chromosome expansion in dioecious Silene latifolia due to DNA loss and male-specific silencing of retrotransposons. BMC Genomics, roč. 19, č. 153, s. 1-11. ISSN 1471-2164. Dostupné z: https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-018-4547-7
Název česky
Zpomalení expanze chromozomu Y u dvojdomé rostliny Silene latifolia způsobené ztrátou DNA a specifickým tlumením retrotransposonů u samců.
Typ
článek v časopise
Jazyk
angličtina
Autoři
Puterová Janka, Ing. (UIFS FIT VUT)
Kubát Zdeněk, Mgr., Ph.D. (IBP)
Kejnovský Eduard, doc. RNDr., CSc. (PřF MUNI)
Jesionek Wojciech (IBP)
Čížková Jana (UEB)
Vyskot Boris, prof. RNDr., DrSc. (IBP)
Hobza Roman (IBP)
URL
Klíčová slova
epigenetika, velikost genomu, Silene latifolia, transpozibilni elementy, Y chromozom
Abstrakt

Vzestup a pád Y chromozomu byl prokázán u zvířat, ale rostliny často obsahují velký, evolučně mladý chromozom Y, o kterém se myslí, že expandoval jen nedávno. Zlomové události oddělující fáze zvětšování a smršťování u evoluce rostlinného Y chromozomu je ještě potřebné určit. K posouzení dynamiky velikosti chromozomu Y jsme studovali vnitrodruhovou variaci velikosti genomu a genomové kompozice samčích a samičích jedinců u dvojdomé rostliny Silene latifolia, která je dobře zavedený model pro studium vývoje pohlavních chromozomů. Data o velikosti genomu jsou první, která demonstrují, že bez ohledu na vnitrodruhovou variaci velikosti genomu, Y chromozom jsi u S. latifolia zachoval svou velikost. Bioinformatická studie složení genomu ukázala, že stálost velikosti chromozomu Y byla způsobena ztrátou DNA z Y chromozomu a proliferací nedávno aktivních dominantních retrotransposonů specifickou pro samičky. Ukazujeme, že některé rodiny retrotransposonů přispěly ke změně velikosti genomu, ale nikoliv ke změně velikosti chromozomu Y. Naše výsledky naznačují, že velký Y chromozom S. latifolia zpomalil nebo zastavil svou expanzi. Proliferace retrotransposonů specifická pro samičky zvětšujícígenom s výjimkou chromozomu Y, byla pravděpodobně způsobena tlumením vysoce aktivních retrotransposonů u samečků a představuje adaptivní mechanismus potlačující degenerativní procesy v haploidním stadiu. Pohlavně specifické tlumení transposonů by mohlo být rozšířené v rostlinách, ale skryto u tradičních rostlin s hermafroditickým modelem.
Rok
2018
Strany
1-11
Časopis
BMC Genomics, roč. 19, č. 153, ISSN 1471-2164
Vydavatel
Springer Science+Business Media B.V.,
DOI
BibTeX
@ARTICLE{FITPUB11540,
   author = "Janka Puterov\'{a} and Zden\v{e}k Kub\'{a}t and Eduard Kejnovsk\'{y} and Wojciech Jesionek and Jana \v{C}\'{i}\v{z}kov\'{a} and Boris Vyskot and Roman Hobza",
   title = "The slowdown of Y chromosome expansion in dioecious Silene latifolia due to DNA loss and male-specific silencing of retrotransposons.",
   pages = "1--11",
   journal = "BMC Genomics",
   volume = 19,
   number = 153,
   year = 2018,
   ISSN = "1471-2164",
   doi = "10.1186/s12864-018-4547-7",
   language = "english",
   url = "https://www.fit.vut.cz/research/publication/11540"
}
Nahoru