Detail publikace
Evolutionary Analysis As a Powerful Complement to Energy Calculations for Protein Stabilization
Mazurenko Stanislav, Ph.D. (LL)
Kunka Antonín, Mgr., Ph.D. (LL)
Marques Sergio M. (LL)
Hansen Niels (AUD)
Musil Miloš, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT)
Chaloupková Radka, Mgr., Ph.D. (LL)
Waterman Jitka (DLS)
Brezovský Jan, Mgr., Ph.D. (LL)
Bednář David, Mgr. (LL)
Prokop Zbyněk, doc. RnDr., Ph.D. (LL)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (LL)
Stabilita proteinů je důležitou vlastností využívanou v biokatalýze, či při výrobě biomateriálů. Výpočetní nástroje umožňují proteiny modifikovat se zvyšující se rychlostí. Zjistili jsme, že stabilizační mutace v haloalkane dehalogenase DhaA založené na fylogenetické analýze není možné reprodukovat pomocí metod využívajících silové pole. Vyzkoušeli jsme čtyři různé hypotézy ve snaze vysvětlit podstatu této stabilizace s využitím strukturních, biochemických, biofyzických a výpočetních metod. Ukázali jsme, že stabilizace proteinu pomocí evolučních metod je řízená entropií, narozdíl od mutací řízených enthalpií jako v případě mutací založených na výpočtu silového pole. Tyto výsledky napovídají, že fylogenetická analýza by měla být komplementární k energetické. Poznatky získané v této práci by mohly napomoci k vývoji nových teoretických přístupů pro predikci entropických příspěvků při proteinové stabilizaci.
@ARTICLE{FITPUB11548, author = "Koen Beerens and Stanislav Mazurenko and Anton\'{i}n Kunka and M. Sergio Marques and Niels Hansen and Milo\v{s} Musil and Radka Chaloupkov\'{a} and Jitka Waterman and Jan Brezovsk\'{y} and David Bedn\'{a}\v{r} and Zbyn\v{e}k Prokop and Ji\v{r}\'{i} Damborsk\'{y}", title = "Evolutionary Analysis As a Powerful Complement to Energy Calculations for Protein Stabilization", pages = "9420--9428", journal = "ACS Catalysis", volume = 2018, number = 8, year = 2018, ISSN = "2155-5435", doi = "10.1021/acscatal.8b01677", language = "english", url = "https://www.fit.vut.cz/research/publication/11548" }