Detail publikace

Quadruplex DNA in long terminal repeats in maize LTR retrotransposons inhibits the expression of a reporter gene in yeast

TOKAN Viktor, PUTEROVÁ Janka, LEXA Matej a KEJNOVSKÝ Eduard. Quadruplex DNA in long terminal repeats in maize LTR retrotransposons inhibits the expression of a reporter gene in yeast. BMC Genomics, roč. 19, č. 1, s. 1-11. ISSN 1471-2164. Dostupné z: https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-018-4563-7
Název česky
Kvadruplexová DNA v dlouhých terminálních opakováních u LTR retrotransposonů kukuřice inhibuje expresi reporterového genu v kvasinkách
Typ
článek v časopise
Jazyk
angličtina
Autoři
Tokan Viktor, Mgr. (IBP)
Puterová Janka, Ing. (UIFS FIT VUT)
Lexa Matej, Ing., Ph.D. (FI MUNI)
Kejnovský Eduard, doc. RNDr., CSc. (PřF MUNI)
URL
Klíčová slova
G4 motif, kvadruplexová DNA, transposibilní elementy, kukuřiční LTR retrotransposony, cirkulární dichroismus, NMM ligand
Abstrakt
Mnoho studií ukázalo, že DNA sekvence bohaté na guanin tvoří kvadruplexové struktury in vitro, ale je nedostatek důkazů o guaninových kvadruplexech (G4) in vivo. Většina sekvencí potenciálně tvořící kvadruplexy (PQS) je umístěna v transposibilních elementech (TE), zejména v blízkosti promotorů v rámci dlouhých terminálních repetic rostlinných LTR retrotransposonů.  

Za účelem potenciálního účinku G4 na expresi retrotransposonů, naklonovali jsme dlouhé terminální repetice vybraných LTR retrotransposonů u kukuřice před začátkem reportérového genu lacZ a změřili jsme jeho transkripci a translaci ve kvasinkách. Zjistili jsme, že G4 mají inhibiční účinek in vivo, protože mutanty (kde guaniny byly nahrazeny adeniny v PQS) vykazovaly vyšší hladiny exprese než divoký typ. Paralelně jsme měřením cirkulárního dichroismu potvrdili, že vybrané sekvence mohou opravdu přijmout konformaci G4 in vitro. Analýza polyA RNA RNA-Sequ u sazenic kukuřice rostoucích v přítomnosti ligandu NMM, který stabilizuje G4, ukázala jak inhibiční, tak stimulační účinky na transkripci LTR retrotransposonů. 

Naše výsledky ukazují, že DNA kvadruplexy umístěná v dlouhých terminálních opakováních LTR retrotransposonů mohou být vytvořeny in vivo a hrají regulační roli v životním cyklu LTR retrotransposonů, a tak ovlivňují také dynamiku genomu.
Rok
2018
Strany
1-11
Časopis
BMC Genomics, roč. 19, č. 1, ISSN 1471-2164
Vydavatel
Springer Science+Business Media B.V.,
DOI
BibTeX
@ARTICLE{FITPUB11562,
   author = "Viktor Tokan and Janka Puterov\'{a} and Matej Lexa and Eduard Kejnovsk\'{y}",
   title = "Quadruplex DNA in long terminal repeats in maize LTR retrotransposons inhibits the expression of a reporter gene in yeast",
   pages = "1--11",
   journal = "BMC Genomics",
   volume = 19,
   number = 1,
   year = 2018,
   ISSN = "1471-2164",
   doi = "10.1186/s12864-018-4563-7",
   language = "english",
   url = "https://www.fit.vut.cz/research/publication/11562"
}
Nahoru