Adaptive Execution Planning in Biomedical Workflow Management Systems

Správa spouštění řetězců úloh, sběr výkonnostních dat, interpolace, spouštění úloh, HPC jako služba

Snahou systémů pro správu vědeckých úloh je přiblížit služby poskytované na gridech, cloudech a HPC vědecké komunitě a lidem z průmyslu pomocí snadného rozhraní umožňující definici komplexních problémů. Řetězce úloh představují formalismus k definování a automatizaci více krokových procedur reflektujícím problémy a reálného světa. Takový přístup ovšem stále klade požadavky na uživatele, jak jednotlivé úlohy v řetězci spustit. k-Dispatch je platforma, která provádí automatizované spuštění, plánování a monitorování úloh. Zaměřuje se na vybrané problémy z medicínského prostředí. Z bezpečnostních důvodů, pouze certifikované kódy vyladěné na přístlušné výpočetní prostředky mohou být použity. k-Dispatch odstiňuje běžné uživatele od složitosti obsluhy HPC systémů. Text ukazuje, jak zmiňovaná platforma provádí plánování spuštění úloh. Použité statické plánování využívající pouze defaultních parametrů pro spuštění není dostatečně efektivní, jelikož výsledky je nutné doručit ve stanoveném časovém horizontu a snahou je rovněž snížit cenu výpočtu. Adaptivní plánování, které je v textu diskutováno, by tento stav mohlo výrazně zlepšit.