Detail publikace

Adaptive Execution Planning in Biomedical Workflow Management Systems

JAROŠ Marta, TREEBY Bradley E. a JAROŠ Jiří. Adaptive Execution Planning in Biomedical Workflow Management Systems. The Platform for Advanced Scientific Computing (PASC) Conference 2021. Geneva, 2021.
Název česky
Adaptivní plánování spouštění úloh v systémech pro správu bio-medicínských úloh
Typ
prezentace,poster
Jazyk
angličtina
Autoři
Jaroš Marta, Ing., PhD. (UPSY FIT VUT)
Treeby Bradley E. (UCL)
Jaroš Jiří, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT)
Klíčová slova

Správa spouštění řetězců úloh, sběr výkonnostních dat, interpolace, spouštění úloh, HPC jako služba

Abstrakt

Snahou systémů pro správu vědeckých úloh je přiblížit služby poskytované na gridech, cloudech a HPC vědecké komunitě a lidem z průmyslu pomocí snadného rozhraní umožňující definici komplexních problémů. Řetězce úloh představují formalismus k definování a automatizaci více krokových procedur reflektujícím problémy a reálného světa. Takový přístup ovšem stále klade požadavky na uživatele, jak jednotlivé úlohy v řetězci spustit. k-Dispatch je platforma, která provádí automatizované spuštění, plánování a monitorování úloh. Zaměřuje se na vybrané problémy z medicínského prostředí. Z bezpečnostních důvodů, pouze certifikované kódy vyladěné na přístlušné výpočetní prostředky mohou být použity. k-Dispatch odstiňuje běžné uživatele od složitosti obsluhy HPC systémů. Text ukazuje, jak zmiňovaná platforma provádí plánování spuštění úloh. Použité statické plánování využívající pouze defaultních parametrů pro spuštění není dostatečně efektivní, jelikož výsledky je nutné doručit ve stanoveném časovém horizontu a snahou je rovněž snížit cenu výpočtu. Adaptivní plánování, které je v textu diskutováno, by tento stav mohlo výrazně zlepšit.

Rok
2021
Strany
1
Kniha
The Platform for Advanced Scientific Computing (PASC) Conference 2021
Konference
The Platform for Advanced Scientific Computing (PASC) Conference 2021, University of Geneva, Geneva, Switzerland, CH
Místo
Geneva, CH
Nahoru