Detail publikace
CalFitter: A web server for analysis of protein thermal denaturation data
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (PřF MUNI)
Kunka Antonín, Mgr., Ph.D. (LL)
Mazurenko Stanislav, Ph.D. (LL)
Nedeljković Sava, Bc. (FIT VUT)
Prokop Zbyněk, doc. RnDr., Ph.D. (LL)
Štourač Jan (LL)
Navzdory významnému pokroku v porozumění vztahům mezi strukturou a funkcí proteinů představuje odhalení drah skládání proteinů stále výzvu kvůli omezenému počtu relevantních experimentálních nástrojů. Široce používané experimentální techniky, jako je kalorimetrie nebo spektroskopie, kriticky závisí na správné analýze dat. V současné době existují pouze samostatné nástroje pro analýzu dat pro každý typ experimentu s omezeným výběrem modelu. Abychom tento problém vyřešili, vyvinuli jsme webový server CalFitter jako jednotnou platformu pro komplexní přizpůsobení dat a analýzu dat tepelné denaturace proteinů. Server umožňuje simultánní přizpůsobení globálních dat pomocí libovolné kombinace vstupních datových typů a nabízí výběr dvanácti modelů rozložení dráhy proteinu pro výběr, včetně nevratných přechodů, které často chybí u jiných nástrojů. Přizpůsobení dat produkuje optimální parametry, jejich intervaly spolehlivosti a statistické informace k definování cest rozvíjení. Server poskytuje interaktivní a snadno použitelné rozhraní, které umožňuje uživatelům přímo analyzovat vstupní datové sady a simulovat modelovaný výstup na základě parametrů modelu. Webový server CalFitter je k dispozici zdarma na https://loschmidt.chemi.muni.cz/calfitter/.