Detail publikace

A dynamic programming algorithm for identification of triplex-forming sequences

LEXA Matej, MARTÍNEK Tomáš, BURGETOVÁ Ivana, KOPEČEK Daniel a BRÁZDOVÁ Marie. A dynamic programming algorithm for identification of triplex-forming sequences. Bioinformatics, roč. 27, č. 18, s. 2510-2517. ISSN 1367-4803.
Název česky
Algoritmus dynamického programování pro identifikaci sekvencí tvořících triplexy
Typ
článek v časopise
Jazyk
angličtina
Autoři
Lexa Matej, Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT)
Martínek Tomáš, Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT)
Burgetová Ivana, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT)
Kopeček Daniel (FI MUNI)
Brázdová Marie, Mgr., Ph.D. (IBP)
Abstrakt
Současné metody pro identifikaci sekvencí, které potenciálně mohou tvořit triplex v genomech a podobných typech sekvencí jsou primárně založeny na detekci homopurýnových a homopyrimidinových traktech. Pro lepší analýzu sekvencí jsou potřeba také postupy schopné hledat nepřesné, ale strukturálně možné triplexové struktury. V této práci jsme modifikovali algoritmus pro detekci přibližných palindromů tak, aby byl schopen brát v úvahu speciální charakter triplexových struktur v DNA. Z dostupné literatury jsme usoudili, že přibližné triplexové struktury tolerují dva typy chyb. První, analogická k záměnám znaku v duplexové DNA, se týká nukleotidů v DNA, které porušují Hoogsteenovu vazbu. Druhá třída se týká geometricky nekompatibilních sousedních tripletů bránící správnému zarovnání vláken pro vytváření příslušné hydrogenové vazby. Testovali jsme statistické vlastnosti algoritmu stejně jako korektnost generovaných výsledků v porovnání se známými triplexovými sekvencemi. Navrhovaný algoritmus uspokojivě detekuje sekvence potencionálních intramolekulárních triplexů. Jeho složitost odpovídá algoritmu pro detekci palindromu.
Rok
2011
Strany
2510-2517
Časopis
Bioinformatics, roč. 27, č. 18, ISSN 1367-4803
Vydavatel
Oxford University Press
DOI
BibTeX
@ARTICLE{FITPUB9773,
   author = "Matej Lexa and Tom\'{a}\v{s} Mart\'{i}nek and Ivana Burgetov\'{a} and Daniel Kope\v{c}ek and Marie Br\'{a}zdov\'{a}",
   title = "A dynamic programming algorithm for identification of triplex-forming sequences",
   pages = "2510--2517",
   journal = "Bioinformatics",
   volume = 27,
   number = 18,
   year = 2011,
   ISSN = "1367-4803",
   doi = "10.1093/bioinformatics/btr439",
   language = "english",
   url = "https://www.fit.vut.cz/research/publication/9773"
}
Nahoru