Detail výsledku

Architecture Model for Approximate Tandem Repeat Detection

MARTÍNEK, T.; LEXA, M. Architecture Model for Approximate Tandem Repeat Detection. 22nd IEEE International Conference on Application-specific Systems, Architectures and Processors. Santa Monica, California: IEEE Computer Society, 2011. p. 239-242. ISBN: 978-1-4577-1290-6.
Typ
článek ve sborníku konference
Jazyk
anglicky
Autoři
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D., UPSY (FIT)
Lexa Matej, Ing., Ph.D., UPSY (FIT)
Abstrakt

Algorithms for biological sequence analysis, such as approximate string matching or algorithms for identification of sequence patterns supporting specific structural elements, present good opportunities for hardware acceleration. Implementation of these algorithms often results in architectures based on multidimensional arrays of computing elements. Mapping effectively these computational structures on FPGAs remains one of the challenging problems. This paper focuses on a specific hardware architecture for detection of approximate tandem repeats in sequences. We show how to create a parametrized architecture model combined with an automatic technique that can determine appropriate circuit dimensions with respect to input task parameters and the target platform properties.

Klíčová slova

Approximate tandem repeat; Architecture model; Automated mapping; FPGA;

Rok
2011
Strany
239–242
Sborník
22nd IEEE International Conference on Application-specific Systems, Architectures and Processors
Konference
22nd IEEE International Conference on Application-specific Systems, Architectures and Processors
ISBN
978-1-4577-1290-6
Vydavatel
IEEE Computer Society
Místo
Santa Monica, California
DOI
10.1109/ASAP.2011.6043277
BibTeX 
@inproceedings{BUT76394,
  author="Tomáš {Martínek} and Matej {Lexa}",
  title="Architecture Model for Approximate Tandem Repeat Detection",
  booktitle="22nd IEEE International Conference on Application-specific Systems, Architectures and Processors",
  year="2011",
  pages="239--242",
  publisher="IEEE Computer Society",
  address="Santa Monica, California",
  doi="10.1109/ASAP.2011.6043277",
  isbn="978-1-4577-1290-6",
  url="https://www.fit.vut.cz/research/publication/9671/"
}
Soubory
Projekty
Bioinformatická a experimentální identifikace nekanonických struktur v geonomové DNA, GAČR, Standardní projekty, GA204/08/1560, zahájení: 2008-04-01, ukončení: 2010-12-31, ukončen
Pokročilé bezpečné, spolehlivé a adaptivní IT, VUT, Vnitřní projekty VUT, FIT-S-11-1, zahájení: 2011-01-01, ukončení: 2013-12-31, ukončen
Výzkum informačních technologií z hlediska bezpečnosti, MŠMT, Institucionální prostředky SR ČR (např. VZ, VC), MSM0021630528, zahájení: 2007-01-01, ukončení: 2013-12-31, řešení
Výzkumné skupiny
Výzkumná skupina reprogramovatelných architektur (VZ FPGA)
Pracoviště
Ústav počítačových systémů (UPSY)
Nahoru