Strukturní biochemie

• 26 hod. přednášky
• 26 hod. cvičení

• 100 bodů závěrečná zkouška

Předmět nemá znalosti.

Cílem přednášky je poskytnout základní informace o určování struktury biomakromolekul (zejména proteinů a nukleových kyselin). Je koncipována jako obecný přehled určený studentům, kteří se nechtějí v tomto oboru specializovat, ale může posloužit i jako úvod k pokročilým kurzům strukturní analýzy. Studenti, kteří úspěšně ukončí kurz, budou schopni aplikovat metody prohledávání databází struktur, analyzovat strukturní modely, rozhodovat, která metoda určování struktury je vhodná pro daný případ a pochopit základní principy určování struktur a analýzy výchozích dat.

Nejsou žádné prerekvizity.

• 1-4. Pojem struktury makromolekul, základní strukturní motivy proteinů a nukleových kyselin, struktura sacharidů a membrán.
• 5. Výpočetní metody, molekulová mechanika a dynamika, simulované žíhání.
• 6. Příprava vzorku, sekvenace nukleových kyselin, proteinů a sacharidů.
• 7. Optické metody charakterizace biomakromolekul: cirkulární dichroismus, infračervená spektroskopie.
• 8-9. Rentgenová strukturní analýza. Příprava krystalů, difrakční experiment, metody řešení fázového problému, mapy elektronové hustoty, výstavba strukturního modelu.
• 10. Elektronová mikroskopie.
• 11-12. Nukleární magnetická rezonance. Izotopové značení, NMR experiment, přiřazení frekvencí ve spektrech, určení geometrie (NOE, interakční konstanty), dynamika proteinů.

Hodnocení studia je založeno na bodovacím systému. Pro úspěšné absolvování předmětu je nutno dosáhnout 50 bodů.

Výuka není kontrolována.