Vyhledávání příbuzných proteinů s modifikovanou funkcí

Název anglicky

Detection of Related Proteins with Modified Function

Jazyk práce

český

Abstrakt

Proteinové inženýrství je dynamicky se rozvíjecí obor s velkým množstvím potenciálních aplikací v praxi. Úspěch v tomto oboru je však podmíněn co nejlepším využitím všech dostupných informací o proteinech, k čemuž se využívá množství bioinformatických nástrojů a analýz. Cílem této práce je vytvoření nového nástroje na podporu proteinového inženýrství, který by umožnil vyhledávání příbuzných proteinů s modifikovanou funkcí ve stále rostoucích proteinových databázích. Návrh tohoto nástroje je koncipován jako spojení řady existujících bioinformatických analýz a umožní identifikovat příbuzné proteiny se stejným typem enzymatické funkce, avšak s mírně modifikovanými vlastnostmi, především z hlediska selektivity, reakční rychlosti a stability.

Klíčová slova

vyhledávání příbuzných proteinů, predikce funkce proteinu, bioinformatika

Ústav

Ústav počítačových systémů FIT VUT v Brně

Studijní program

Informační technologie, obor Bioinformatika a biocomputing

Soubory

Text práce 5,5 MB

Stav

obhájeno, hodnocení A

Obhajoba

22. června 2015

Oponent

Bendl Jaroslav, Ing.

Průběh obhajoby

Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm "A".

Otázky u obhajoby

Na základě jakých parametrů byly vybrány nástroje integrované do jednotlivých kroků algoritmu (Caver pro vyhledání tunelů, CASTp pro detekci kapes atd.)?
Nakolik je současná platforma připravena pracovat s jinými rodinami enzymů než jsou haloalkan dehalogenázy? Dovedete odhadnout, nakolik je příprava vstupních dat pro uživatele náročná?

Komise

Sekanina Lukáš, prof. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), předseda
Bartík Vladimír, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT), člen
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), člen
Meduna Alexander, prof. RNDr., CSc. (UIFS FIT VUT), člen
Steingartner William, Ing., Ph.D. (TUKE), člen
Zbořil František, doc. Ing., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen

Citace

HON, Jiří. Vyhledávání příbuzných proteinů s modifikovanou funkcí. Brno, 2015. Diplomová práce. Vysoké učení technické v Brně, Fakulta informačních technologií. 2015-06-22. Vedoucí práce Martínek Tomáš. Dostupné z: https://www.fit.vut.cz/study/thesis/17337/

BibTeX

@mastersthesis{FITMT17337,
    author = "Ji\v{r}\'{i} Hon",
    type = "Diplomov\'{a} pr\'{a}ce",
    title = "Vyhled\'{a}v\'{a}n\'{i} p\v{r}\'{i}buzn\'{y}ch protein\r{u} s modifikovanou funkc\'{i}",
    school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}",
    year = 2015,
    location = "Brno, CZ",
    language = "czech",
    url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/17337/"
}