Detail práce
Shlukování biologických sekvencí
Jedním z hlavních důvodů, proč se proteinové sekvence shlukují,je predikce jejich struktury, funkce a evoluce. Mnoho současných nástrojů mánevýhodu ve velké výpočetní náročnosti, protože zarovnává každou sekvencis každou. Pokud některý nástroj pracuje výrazně rychleji, nedosahuje oprotiostatním takové přesnosti. Další z nevýhod je zpracování na vyšších míráchpodobnosti, ale homologní proteiny si mohou být podobné i méně. Processhlukování také bývá ukončen při dosažení určité podmínky, která všaknezohledňuje dostatečnou kvalitu shluků. Diplomová práce se zabývá návrhema implementací nového nástroje pro shlukování proteinových sekvencí. Novýnástroj by měl být výpočetně nenáročný, se zachováním požadované přesnosti,a produkovat kvalitnější shluky. Práce dále popisuje testování navrženéhonástroje, zhodnocení dosažených výsledků a možnosti dalšího rozvoje.
Shlukování, biologická sekvence, protein, porovnání, podobnost, hierarchie, bioinformatika
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázku oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm "C".
- S jakými parametry bylo dosaženo nejlepší podobnosti s referenční sadou shluků s pomocí nástroje FitClust?
Bartík Vladimír, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT), člen
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), člen
Meduna Alexander, prof. RNDr., CSc. (UIFS FIT VUT), člen
Steingartner William, Ing., Ph.D. (TUKE), člen
Zbořil František, doc. Ing., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
@mastersthesis{FITMT17338,
author = "Radim Kubi\v{s}",
type = "Diplomov\'{a} pr\'{a}ce",
title = "Shlukov\'{a}n\'{i} biologick\'{y}ch sekvenc\'{i}",
school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}",
year = 2015,
location = "Brno, CZ",
language = "czech",
url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/17338/"
}