Detail práce

Prediktor vlivu aminokyselinových substitucí na stabilitu proteinů

Diplomová práce Student: Flax Michal Akademický rok: 2016/2017 Vedoucí: Musil Miloš, Ing., Ph.D.
Název anglicky
Predictor of the Effect of Amino Acid Substitutions on Protein Stability
Jazyk práce
český
Abstrakt

Tato práce se zabývá predikcí vlivu aminokyselinových mutací na stabilitu proteinů. Pro predikci jsou v této práci využity rozdílné metody strojového učení. Mutace proteinů jsou klasifikovány na mutace, které zvyšují stabilitu proteinů a na mutace, které snižují stabilitu proteinů. Aplikace také predikuje velikost změny Gibbsovy volné energie po mutaci.

Klíčová slova

Stabilita proteinů, mutace, aminokyseliny, strojové učení, klasifikace, regrese, support vector machines, umělé neuronové sítě, náhodný les.

Ústav
Ústav informačních systémů FIT VUT v Brně
Studijní program
Informační technologie, obor Bioinformatika a biocomputing
Soubory
Stav
obhájeno, hodnocení B
Obhajoba
21. června 2017
Oponent
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D.
Průběh obhajoby

Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm B.

Otázky u obhajoby
  1. Používáte zajímavé kódování mutací a sousedních aminokyselin, v čem vidíte jeho přednosti?
  2. Máte představu, jak si váš konsensuální nástroj stojí v porovnání s ostatními nástroji?
Komise
Sekanina Lukáš, prof. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), předseda
Burgetová Ivana, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT), člen
Horák Aleš, doc. RNDr., Ph.D. (FI MUNI), člen
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), člen
Rogalewicz Adam, doc. Mgr., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Zbořil František, doc. Ing., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Citace
FLAX, Michal. Prediktor vlivu aminokyselinových substitucí na stabilitu proteinů. Brno, 2017. Diplomová práce. Vysoké učení technické v Brně, Fakulta informačních technologií. 2017-06-21. Vedoucí práce Musil Miloš. Dostupné z: https://www.fit.vut.cz/study/thesis/19295/
BibTeX 
@mastersthesis{FITMT19295,
    author = "Michal Flax",
    type = "Diplomov\'{a} pr\'{a}ce",
    title = "Prediktor vlivu aminokyselinov\'{y}ch substituc\'{i} na stabilitu protein\r{u}",
    school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}",
    year = 2017,
    location = "Brno, CZ",
    language = "czech",
    url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/19295/"
}

Závěrečné práce

Nahoru