Detail práce
Efektivní hledání překryvů u NGS dat
Hlavním tématem této práce je detekce překryvů u NGS dat. Práce obsahuje přehled sekvenovacíchtechnologií, jenž jsou zdrojem NGS dat. V práci je obecně definován problémdetekce překryvů DNA sekvencí. Následně je v práci vytvořen přehled dostupných existujícíchalgoritmů a přístupů pro detekci překryvů u NGS dat. Jsou zde popsány základníprincipy těchto algoritmů. V druhé části práce je navržen vhodný nástroj pro detekci přibližnýchpřekryvů u NGS dat a popsána jeho implementace. V závěru práce jsou shrnutya popsány experimenty provedené s tímto nástrojem a závěry, které z nich vyplývají.
překryvy, detekce překryvů, sekvenování DNA, NGS data, NGS technologie, DNA, genom,read, repetitivní elementy, algoritmy pro detekci překryvů, sufixové filtry, FM-index
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm B.
- V závěru kapitoly 7 uvádíte, že dosahujete lepších výsledků než RepeatExplorer, dokázal by jste to nějak kvantitativně vyjádřit?
Burgetová Ivana, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT), člen
Horák Aleš, doc. RNDr., Ph.D. (FI MUNI), člen
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), člen
Rogalewicz Adam, doc. Mgr., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Zbořil František, doc. Ing., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
@mastersthesis{FITMT19337,
author = "Petr Matocha",
type = "Diplomov\'{a} pr\'{a}ce",
title = "Efektivn\'{i} hled\'{a}n\'{i} p\v{r}ekryv\r{u} u NGS dat",
school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}",
year = 2017,
location = "Brno, CZ",
language = "czech",
url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/19337/"
}