Detail práce

Bioinformatický nástroj pro anotaci transposonů

Diplomová práce Student: Jenčo Michal Akademický rok: 2016/2017 Vedoucí: Puterová Janka, Ing., Ph.D.
Název anglicky
Bioinformatics Tool for Transposons Annotation
Jazyk práce
český
Abstrakt

Táto práca poskytuje teoretické východiská pre návrh nového bioinformatického nástroja pre anotáciu transpozónov so zameraním na ich prídavné štruktúrne prvky. Sú v nej z biologického hľadiska popísané transpozóny, mobilné elementy v DNA, ich rozdelenie a vnútorná štruktúra. Ďalej sa zaoberá prehľadom a rozdelením dostupných bioinformatických nástrojov na identifikáciu a anotáciu transpozónov, popisom funkcie a implementácie vybraných z nich. Následne je popísaný návrh a implementácia nového bioinformatického nástroja na vyhľadávanie a anotáciu LTR retrotranspozónov so zameraním na extra ORF a tandemové repetície. Funkcionalita nástroja bola testovaná na genóme A. thaliana. Bolo identifikovaných 95 skupín konzervovaných extra ORF a 10 skupín konzervovaných tandemových repetícií.

Klíčová slova

transpozóny, satelitná DNA, bioinformatika, anotácia, extra ORF, tandemové repetície, LTR retrotranspozóny

Ústav
Ústav informačních systémů FIT VUT v Brně
Studijní program
Informační technologie, obor Bioinformatika a biocomputing
Soubory
Stav
obhájeno, hodnocení C
Obhajoba
21. června 2017
Oponent
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D.
Průběh obhajoby

Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm C.

Otázky u obhajoby
  1. Zkoušel jste obsah nalezených eORF rámců vyhledávat ve veřejných databázích a identifikovat jejich původ?
  2. Zkoušel jste výsledky nástroje porovnávat s existujícími studiemi, které popisují přítomnost tandemových opakování nebo eORF?
Komise
Sekanina Lukáš, prof. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), předseda
Burgetová Ivana, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT), člen
Horák Aleš, doc. RNDr., Ph.D. (FI MUNI), člen
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), člen
Rogalewicz Adam, doc. Mgr., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Zbořil František, doc. Ing., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Citace
JENČO, Michal. Bioinformatický nástroj pro anotaci transposonů. Brno, 2017. Diplomová práce. Vysoké učení technické v Brně, Fakulta informačních technologií. 2017-06-21. Vedoucí práce Puterová Janka. Dostupné z: https://www.fit.vut.cz/study/thesis/19833/
BibTeX 
@mastersthesis{FITMT19833,
    author = "Michal Jen\v{c}o",
    type = "Diplomov\'{a} pr\'{a}ce",
    title = "Bioinformatick\'{y} n\'{a}stroj pro anotaci transposon\r{u}",
    school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}",
    year = 2017,
    location = "Brno, CZ",
    language = "czech",
    url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/19833/"
}

Závěrečné práce

Nahoru