Detail práce

Bioinformatický nástroj pro predikci rozpustnosti proteinů

Bakalářská práce Student: Čermák Jiří Akademický rok: 2016/2017 Vedoucí: Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D.
Název anglicky
Bioinformatics Tool for Prediction of Protein Solubility
Jazyk práce
český
Abstrakt

Abychom dosáhli levnější a efektivnější výroby proteinů, musíme být schopni predikovat, zda budou proteiny rozpustné. V této práci se zabýváme vytvořením bioinformatických datových sad na základě databází Target Track a eSol, testováním příznaků používaných v existujících nástrojích zabývajících se rozpustností proteinů a tvorbou nového prediktoru. Přestože se nám nedaří vytvořit efektivní nástroj na predikci rozpustnosti proteinů, zjišťujeme, že ve většině případů staré příznaky na nové datové sadě nekorelují s rozpustností proteinů tak silně, jako tomu je u starších a menších datových sad.

Klíčová slova

Rozpustnost proteinů, Strojové učení, Agregace proteinů, Proteinové inženýrství, Syntéza proteinů

Ústav
Ústav počítačových systémů FIT VUT v Brně
Studijní program
Informační technologie
Soubory
Stav
obhájeno, hodnocení D
Obhajoba
14. června 2017
Oponent
Hon Jiří, Ing., Ph.D.
Průběh obhajoby

Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm D.

Otázky u obhajoby

V závěru práce naznačujete, že pro dosažení větší přesnosti prediktoru může vést upravení datové sady nebo zavedení nových příznaků. Jaké konkrétní úpravy datové sady nebo nové příznaky by to mohly být?

Komise
Sekanina Lukáš, prof. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), předseda
Dytrych Jaroslav, Ing., Ph.D. (UPGM FIT VUT), člen
Hrubý Martin, Ing., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Kořenek Jan, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), člen
Švéda Miroslav, prof. Ing., CSc. (UIFS FIT VUT), člen
Citace
ČERMÁK, Jiří. Bioinformatický nástroj pro predikci rozpustnosti proteinů. Brno, 2017. Bakalářská práce. Vysoké učení technické v Brně, Fakulta informačních technologií. 2017-06-14. Vedoucí práce Martínek Tomáš. Dostupné z: https://www.fit.vut.cz/study/thesis/20048/
BibTeX 
@bachelorsthesis{FITBT20048,
    author = "Ji\v{r}\'{i} \v{C}erm\'{a}k",
    type = "Bakal\'{a}\v{r}sk\'{a} pr\'{a}ce",
    title = "Bioinformatick\'{y} n\'{a}stroj pro predikci rozpustnosti protein\r{u}",
    school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}",
    year = 2017,
    location = "Brno, CZ",
    language = "czech",
    url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/20048/"
}

Závěrečné práce

Nahoru