Detail práce

Techniky pro získávání dat v genomice

Diplomová práce Student: Jaša Petr Akademický rok: 2006/2007 Vedoucí: Rudolfová Ivana, Ing., Ph.D.
Název anglicky
Genomic Data Mining Techniques
Jazyk práce
český
Abstrakt

Tato práce si v první řadě klade za cíl představit některé běžné techniky pro získávání dat v genomice a v další řadě naimplementovat vlastní algoritmus vycházející z originální verze algoritmu BLAST jako zástupce zmíněných technik. Práce se konkrétně zaměřuje na DNA sekvence, které v sobě uchovávají genetickou informaci, jež je předlohou živých organismů. Pro rozluštění této informace se používá řada technik. Tento text popisuje algoritmus Fasta a algoritmy rodiny BLAST. Pomocí těchto algoritmů je možné získat o sekvencích DNA, u kterých je známá pouze jejich primární struktura, mnoho důležitých informací. Princip algoritmů spočívá v zarovnání jedné vzorové sekvence DNA, ze které chceme získat informace, s mnoha sekvencemi uloženými v databázi. Ze zarovnání je pak možné u vzorové sekvence, na základě míry její podobnosti se sekvencemi databáze, stanovit s určitou pravděpodobností mnoho různých vlastností.

Klíčová slova

BLAST, Fasta, DNA, RNA, sekvence DNA, nukleotid, báze, adenosin, cytosin, guanin, tymin, dynamické programování, porovnání, zarovnání, vyhledávání

Ústav
Ústav informačních systémů FIT VUT v Brně
Studijní program
Informační technologie, obor Informační systémy
Soubory
Stav
obhájeno, hodnocení B
Obhajoba
19. června 2007
Oponent
Křivka Zbyněk, Ing., Ph.D.
Komise
Meduna Alexander, prof. RNDr., CSc. (UIFS FIT VUT), předseda
Bieliková Mária, prof. Ing., PhD. (FIIT STU), člen
Fučík Otto, doc. Dr. Ing. (UPSY FIT VUT), člen
Potúček Igor, Ing., Ph.D. (UPGM FIT VUT), člen
Švéda Miroslav, prof. Ing., CSc. (UIFS FIT VUT), člen
Zbořil František, doc. Ing., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Citace
JAŠA, Petr. Techniky pro získávání dat v genomice. Brno, 2007. Diplomová práce. Vysoké učení technické v Brně, Fakulta informačních technologií. 2007-06-19. Vedoucí práce Rudolfová Ivana. Dostupné z: https://www.fit.vut.cz/study/thesis/3993/
BibTeX 
@mastersthesis{FITMT3993,
    author = "Petr Ja\v{s}a",
    type = "Diplomov\'{a} pr\'{a}ce",
    title = "Techniky pro z\'{i}sk\'{a}v\'{a}n\'{i} dat v genomice",
    school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}",
    year = 2007,
    location = "Brno, CZ",
    language = "czech",
    url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/3993/"
}

Závěrečné práce

Nahoru