Detail práce

Hardwarová akcelerace algoritmu pro hledání podobnosti dvou DNA řetězců

Diplomová práce Student: Nosek Ondřej Akademický rok: 2006/2007 Vedoucí: Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D.
Název anglicky
Hardware Acceleration of Algorithms for Approximate String Matching
Jazyk práce
český
Abstrakt

Metody pro zarovnání různých typů bioinformatických sekvencí jsou klíčovou součástí výzkumu v této oblasti. Úlohy jsou časově velmi náročné, a proto má smysl vytvořit hardwarovou platformu pro urychlení těchto výpoětů. Cílem této práce je navržení obecné architektury založené na FPGA technologii, která dokáže pracovat s několika různými druhy sekvencí. Metody, které bude navržená akcelerační karta používat budou především dynamické algoritmy Needleman-Wunsch a Smith-Waterman.

Klíčová slova

DNA řetězec, RNA, proteinový řetězec, nukleotid, aminokyselina, kodón, triplet, evoluce, geny, porovnávání řetězcù, zarovnání, akcelerace algoritmu, hardware, architektura, FPGA, globální metoda, lokální metoda, algoritmus, Levenshteinova vzdálenost, Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, pokuta, mezery, zpětný průchod, substituční matice, skóre podobnosti, výpočet, porovnávací buňka, porovnávací pravidla, řídící obvod.

Ústav
Ústav počítačových systémů FIT VUT v Brně
Studijní program
Informační technologie, obor Počítačové systémy a sítě
Soubory
Stav
obhájeno, hodnocení B
Obhajoba
19. června 2007
Oponent
Kořenek Jan, doc. Ing., Ph.D.
Komise
Dvořák Václav, prof. Ing., DrSc. (UPSY FIT VUT), předseda
Janoušek Vladimír, doc. Ing., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Kotásek Zdeněk, doc. Ing., CSc. (UPSY FIT VUT), člen
Krejčíček Jaromír, prof. Ing., CSc. (UNOB), člen
Křena Bohuslav, Ing., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Matoušek Petr, doc. Ing., Ph.D., M.A. (UIFS FIT VUT), člen
Citace
NOSEK, Ondřej. Hardwarová akcelerace algoritmu pro hledání podobnosti dvou DNA řetězců. Brno, 2007. Diplomová práce. Vysoké učení technické v Brně, Fakulta informačních technologií. 2007-06-19. Vedoucí práce Martínek Tomáš. Dostupné z: https://www.fit.vut.cz/study/thesis/4742/
BibTeX 
@mastersthesis{FITMT4742,
    author = "Ond\v{r}ej Nosek",
    type = "Diplomov\'{a} pr\'{a}ce",
    title = "Hardwarov\'{a} akcelerace algoritmu pro hled\'{a}n\'{i} podobnosti dvou DNA \v{r}et\v{e}zc\r{u}",
    school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}",
    year = 2007,
    location = "Brno, CZ",
    language = "czech",
    url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/4742/"
}

Závěrečné práce

Nahoru