Detail práce

Implementace algoritmu pro hledání podobností DNA řetězců v FPGA

Diplomová práce Student: Pařenica Martin Akademický rok: 2006/2007 Vedoucí: Fučík Otto, doc. Dr. Ing.
Název anglicky
Approximate String Matching Algorithm Implementation in FPGA
Jazyk práce
český
Abstrakt

Tato práce popisuje způsoby porovnání nukleotidových řetězců s využitím párového a vícenásobného porovnání. V práci jsou popsány algoritmy párového porovnávání pro hledání nad daty v databázích a nebo algoritmy využívající dynamické programování. Dále jsou popsány způsoby vícenásobného porovnání. Mezi základními algoritmy je uvedeno dynamickým programováním a nebo algoritmy, které s využitím určité míry nepřesnosti postupně sestavují porovnání. Teoretickou část práce uzavírá popis technologie FPGA. Další část práce, praktická část, je věnována implementaci jednoho z vícenásobných algoritmů. Závěrečná část shrnuje vlastnosti vybraného algoritmu.

Klíčová slova

DNA, párové porovnání, prohledávání databází, BLAST, FASTA, dynamické programování, Needleman-Wunsch, Smith-Waterman, vícenásobné porovnání, CLUSTAL, fylogenetické stromy, FPGA.

Ústav
Ústav počítačových systémů FIT VUT v Brně
Studijní program
Informační technologie, obor Počítačové systémy a sítě
Soubory
Stav
obhájeno, hodnocení B
Obhajoba
19. června 2007
Oponent
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D.
Komise
Dvořák Václav, prof. Ing., DrSc. (UPSY FIT VUT), předseda
Janoušek Vladimír, doc. Ing., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Kotásek Zdeněk, doc. Ing., CSc. (UPSY FIT VUT), člen
Krejčíček Jaromír, prof. Ing., CSc. (UNOB), člen
Křena Bohuslav, Ing., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Matoušek Petr, doc. Ing., Ph.D., M.A. (UIFS FIT VUT), člen
Citace
PAŘENICA, Martin. Implementace algoritmu pro hledání podobností DNA řetězců v FPGA. Brno, 2007. Diplomová práce. Vysoké učení technické v Brně, Fakulta informačních technologií. 2007-06-19. Vedoucí práce Fučík Otto. Dostupné z: https://www.fit.vut.cz/study/thesis/4811/
BibTeX 
@mastersthesis{FITMT4811,
    author = "Martin Pa\v{r}enica",
    type = "Diplomov\'{a} pr\'{a}ce",
    title = "Implementace algoritmu pro hled\'{a}n\'{i} podobnost\'{i} DNA \v{r}et\v{e}zc\r{u} v FPGA",
    school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}",
    year = 2007,
    location = "Brno, CZ",
    language = "czech",
    url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/4811/"
}

Závěrečné práce

Nahoru