Detail práce

Akcelerace algoritmů pro porovnání biologických sekvencí s využitím FPGA

Bakalářská práce Student: Beck Patrik Akademický rok: 2006/2007 Vedoucí: Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D.
Název anglicky
Acceleration of Algorithms for Approximate String Matching Using FPGA
Jazyk práce
český
Abstrakt

Táto práca sa zaoberá implementáciou hardwarového zariadenia, ktoré porovnáva biologické sekvencie. Pri porovnávaní využíva algoritmy Smith-Waterman a Needleman-Wunsch. Zariadenie slúži ako akcelerátor bioinformatických algoritmov na vyššej úrovni. Príkladom využitia može byť analýza ľudského genómu, porovnávanie proteínu s databázou, odhaľovanie dedičných informácií. Dosiahnuté zrýchlenie sa v závislostí na danej úlohe, oproti bežnému PC pohybuje v niekoľkých rádoch.

Klíčová slova

FPGA, približné porovnávanie ret'azcov

Ústav
Ústav počítačových systémů FIT VUT v Brně
Studijní program
Informační technologie
Soubory
Stav
obhájeno, hodnocení A
Obhajoba
12. června 2007
Oponent
Kořenek Jan, doc. Ing., Ph.D.
Komise
Sekanina Lukáš, prof. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), předseda
Černocký Jan, prof. Dr. Ing. (UPGM FIT VUT), člen
Fučík Otto, doc. Dr. Ing. (UPSY FIT VUT), člen
Herout Adam, prof. Ing., Ph.D. (UPGM FIT VUT), člen
Jedlička Petr, Ing., Ph.D. (Mendelu), člen
Peringer Petr, Dr. Ing. (UITS FIT VUT), člen
Citace
BECK, Patrik. Akcelerace algoritmů pro porovnání biologických sekvencí s využitím FPGA. Brno, 2007. Bakalářská práce. Vysoké učení technické v Brně, Fakulta informačních technologií. 2007-06-12. Vedoucí práce Martínek Tomáš. Dostupné z: https://www.fit.vut.cz/study/thesis/5106/
BibTeX 
@bachelorsthesis{FITBT5106,
    author = "Patrik Beck",
    type = "Bakal\'{a}\v{r}sk\'{a} pr\'{a}ce",
    title = "Akcelerace algoritm\r{u} pro porovn\'{a}n\'{i} biologick\'{y}ch sekvenc\'{i} s vyu\v{z}it\'{i}m FPGA",
    school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}",
    year = 2007,
    location = "Brno, CZ",
    language = "czech",
    url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/5106/"
}

Závěrečné práce

Nahoru