Detail práce

Porovnání a převod databází signálních drah

Bakalářská práce Student: Němeček Pavel Akademický rok: 2007/2008 Vedoucí: Smrž Pavel, doc. RNDr., Ph.D.
Název anglicky
Comparison and Transformations of Pathway Databases
Jazyk práce
český
Abstrakt

Tato práce se zabývá porovnáním a převodem databází signálních drah. Značná část je věnována databázím KEGG a BioCarta. V práci jsou rozebrány formáty poskytovaných dat. Při hledání překryvů drah mezi databázemi zkouším aplikovat shlukování, srovnání editační vzdálenosti názvů, porovnání genů podle čísla NCBI a nalezení ekvivalentních vazeb. Aplikace je implementována v jazyce C++ s použitím XML parseru. Výsledky jsou prezentovány ve formě textových výstupů, případně ve formě grafů zapsaných v jazyce DOT pro zpracování programem GraphViz.

Klíčová slova

Signální dráha, databáze KEGG, KGML, databáze BioCarta, PID (Pathway Interaction Database), Graphviz, Levenshteinova vzdálenost, NCI (National Cancer Institute), NCBI (National Center for Biotechnology Information)

Ústav
Ústav počítačové grafiky a multimédií FIT VUT v Brně
Studijní program
Informační technologie
Soubory
Stav
obhájeno, hodnocení A
Obhajoba
12. června 2008
Oponent
Šilhavá Jana, Ing.
Komise
Černocký Jan, prof. Dr. Ing. (UPGM FIT VUT), předseda
Herout Adam, prof. Ing., Ph.D. (UPGM FIT VUT), člen
Lukáš Roman, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT), člen
Ráček Jaroslav, RNDr., Ph.D. (FI MUNI), člen
Vojnar Tomáš, prof. Ing., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Zbořil František, doc. Ing., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Citace
NĚMEČEK, Pavel. Porovnání a převod databází signálních drah. Brno, 2008. Bakalářská práce. Vysoké učení technické v Brně, Fakulta informačních technologií. 2008-06-12. Vedoucí práce Smrž Pavel. Dostupné z: https://www.fit.vut.cz/study/thesis/7028/
BibTeX 
@bachelorsthesis{FITBT7028,
    author = "Pavel N\v{e}me\v{c}ek",
    type = "Bakal\'{a}\v{r}sk\'{a} pr\'{a}ce",
    title = "Porovn\'{a}n\'{i} a p\v{r}evod datab\'{a}z\'{i} sign\'{a}ln\'{i}ch drah",
    school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}",
    year = 2008,
    location = "Brno, CZ",
    language = "czech",
    url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/7028/"
}

Závěrečné práce

Nahoru