Detail práce

Techniky pro porovnávání biologických sekvencí

Diplomová práce Student: Sladký Roman Akademický rok: 2007/2008 Vedoucí: Rudolfová Ivana, Ing., Ph.D.
Název anglicky
Techniques for Comparing Biological Sequences
Jazyk práce
český
Abstrakt

V práci se seznámíme se výstavbou a funkcí základních biologických jednotek DNA, RNA a proteinů. Data, která poskytují, se uchovávají v biologických databázích, které jsou celosvětově propojeny pro lepší komunikaci a dostupnost veškerých informací při vědeckém bádání. Tajemství života je skryto v genech. Geny jsou kódovány sekvencemi nukleotidů a dávají vznik proteinům, které jsou tvořeny sekvencemi aminokyselin. Nejrozšířenějšími technikami pro porovnávání sekvencí jsou algoritmy FASTA a BLAST. V práci je popsán program PSProt, který je založen na bázi zmíněných algoritmů. Slouží k porovnávání sekvencí proteinů. Porovnávaný protein se ale nejdříve pomyslně syntetizuje ze zadaného oligonukleotidu DNA, který kóduje potenciální protein. Nejpodobnější proteiny jsou pak vyhledány heuristikou hitbodů a poté algoritmem semiglobálního zarovnání upraveno jejich výsledné skóre rozhodující pro vyhledávání.

Klíčová slova

Molekulární biologie, DNA, RNA, nukleotid, aminokyselina, protein, databáze, EBI, ENBL-Bank, Swiss-Prot, TrEMBL, PDB, EnSembl, Needlemann-Wunsch, matice PAM a BLOSUM, BLAST, FASTA, PSProt, Arabidopsis thaliana, hitbody, PSProt

Ústav
Ústav informačních systémů FIT VUT v Brně
Studijní program
Informační technologie, obor Informační systémy
Soubory
Stav
obhájeno, hodnocení B
Obhajoba
16. června 2008
Oponent
Křivka Zbyněk, Ing., Ph.D.
Komise
Švéda Miroslav, prof. Ing., CSc. (UIFS FIT VUT), předseda
Burget Radek, doc. Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT), člen
Drahanský Martin, prof. Ing., Dipl.-Ing., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Matoušek Petr, doc. Ing., Ph.D., M.A. (UIFS FIT VUT), člen
Šafařík Jiří, prof. Ing., CSc. (ZČU v Plzni), člen
Vojnar Tomáš, prof. Ing., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Citace
SLADKÝ, Roman. Techniky pro porovnávání biologických sekvencí. Brno, 2008. Diplomová práce. Vysoké učení technické v Brně, Fakulta informačních technologií. 2008-06-16. Vedoucí práce Rudolfová Ivana. Dostupné z: https://www.fit.vut.cz/study/thesis/7062/
BibTeX 
@mastersthesis{FITMT7062,
    author = "Roman Sladk\'{y}",
    type = "Diplomov\'{a} pr\'{a}ce",
    title = "Techniky pro porovn\'{a}v\'{a}n\'{i} biologick\'{y}ch sekvenc\'{i}",
    school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}",
    year = 2008,
    location = "Brno, CZ",
    language = "czech",
    url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/7062/"
}

Závěrečné práce

Nahoru