Detail produktu
EnzymeMiner: automated mining of soluble enzymes with diverse structures, catalytic properties and stabilities
Vznik: 2020
Borko Simeon, Ing. (FIT VUT)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (LL)
Hon Jiří, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT)
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT)
Prokop Zbyněk, doc. RnDr., Ph.D. (LL)
Štourač Jan (LL)
Zendulka Jaroslav, doc. Ing., CSc. (UIFS FIT VUT)
EnzymeMiner umožňuje automatické dolování a anotaci různorodých sekvencí enzymů patřících do konkrétní enzymatické rodiny a který usnadňuje jejich výběr pro experimentální charakterizaci v laboratoři. EnzymeMiner prioritizuje sekvence, které s velkou pravděpodobností mají požadovanou enzymatickou aktivitu a které jsou pravděpodobně vyrobitelné v rozpustné formě pomocí heterologní exprese v Escherichia coli. K predikci rozpustnosti je využit vlastní nástroj SoluProt založený na strojovém učení. EnzymeMiner zkracuje čas vynaložený na vyhledávání enzymů, provedení vícekrokové analýzy, prioritizaci sekvencí a výběr kandidátů ze dnů na hodiny. Příklad úspěšného použití EnzymeMineru pro analýzu enzymové rodiny haloalkan dehalogenáz je popsán formou tutoriálu na webových stránkách nástroje. EnzymeMiner je univerzální software aplikovatelný na libovolnou enzymatickou rodinu a je přístupný skrze interaktivní uživatelské rozhraní na adrese https://loschmidt.chemi.muni.cz/enzymeminer/.