Detail produktu
FireProt 2.0
Vznik: 2023
Ježík Andrej, Bc. (FIT VUT)
Horáčková Jana, Mgr. (LL)
Borko Simeon, Ing. (FIT VUT)
Kabourek Petr (LL)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (PřF MUNI)
Bednář David, Mgr. (LL)
proteinové inženýrství, thermostabilní proteiny, vícebodoví mutanti, stabilita proteinů
FireProt protokol umožňuje automatizovaný výpočetní návrh vysoce stabilních vícebodových mutantů. FireProt 2.0 staví na dříve publikovaném webu FireProt, zachovává původní funkčnost a rozšiřuje ji o několik nových strategií stabilizace. FireProt 2.0 integruje databázi AlphaFold a homologní modelování pro predikci struktury, což umožňuje výpočty začínající ze sekvence. Vícebodové návrhy jsou konstruovány pomocí Bron-Kerboschova algoritmu, který minimalizuje antagonistický efekt mezi jednotlivými mutacemi. Uživatelé mohou nově omezit výpočet FireProt na sadu jím definovaných mutací, spustit saturační mutagenezi celého proteinu nebo vybrat rigidní mutace na základě B-faktorů. Strategie back-to-consensus založená na evoluci je doplněna ancestrální rekonstrukcí. FireProt 2.0 je výrazně rychlejší a přepracované grafické uživatelské rozhraní rozšiřuje dostupnost nástroje i pro uživatele se starším hardwarem.
Nástroj je dostupný na internetové adrese:
http://loschmidt.chemi.muni.cz/fireprot
Pro informace o licenčních podmínkách prosím kontaktujte: Mgr. Radka Báčová, Výzkumné centrum informačních technologií, Fakulta informačních technologií VUT v Brně, Božetěchova 2, 612 66 Brno, 541 141 473.