Detail projektu

Bioinformatická a experimentální identifikace nekanonických struktur v geonomové DNA

Období řešení: 1. 4. 2008 - 31. 12. 2010

Typ projektu: grant

Kód: GA204/08/1560

Agentura: Grantová agentura AV ČR

Program: Standardní projekty

Název anglicky
In vitro and in silico identification of non-canonical DNA structures in genomic sequences
Typ
grant
Klíčová slova

nekanonická struktura DNA, palindrom, duplikace, duplex, triplex, přibližné vyhledávání vzorů, bioinformatika, hradlová pole (FPGA)

Abstrakt

Sekvenování genomů zvýšilo zájem nejen o nekódující DNA, ale i o nekanonické struktury, které může nekódující DNA vytvářet, a jejich možné biologické funkce. V tomto návrhu hodláme skloubit nejnovějšími technologiemi molekulární biologii s bioinformatikou ve snaze pochopit, předpovídat a mapovat v lidském genomu výskyt biologicky důležitých struktur. Na základě předcházejícího výskumu se experimentálně soustředíme hlavně na detekci křížových struktur DNA a riplexů DNA. Zmodernizujeme a v případě křížových struktur vytvoříme výpočetní nástroj pro predikci těchto struktur v genomové DNA. Aplikace bude zahájena s regulačními oblastmi nádorových supresorů a onkogenů (např. p53) či jejich cílových genů (např. EGFR, c-myc, hsp90) studovaných v laboratoři navrhovatele. Rychlost počítačového zpracování celých genomů docílíme využitím vhodných algoritmů a jejich implementaci s podporou hradlových polí (FPGA). Takto budeme schopni rychle a s vyšší citlivostí anotovat genomy z pohledu výskytu zajímavých struktur, vyhodnotíme jejich výskyt v biologicky a medicinsky zajímavých genech a otevřeme cestu pro využití superrychlých operací v hardwaru i jiným oblastem bioinformatiky.

Cílem je zdokonalit existující a vytvořit nové postupy pro identifikaci nekanonických struktur v DNA. Experimentálně se
zaměříme na nádorové supresory a onkogeny, výpočetně na rychlost a citlivost metod a analýzu genomů. Vytvoříme
pilotní server pro další výskum a využití v bioinformatice.

Řešitelé
Fučík Otto, doc. Dr. Ing. (UPSY FIT VUT) , spoluřešitel
Martínek Tomáš, Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT) , spoluřešitel
Rudolfová Ivana, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT) , spoluřešitel
Publikace

2011

2010

2009

2008

Produkty

2010

Nahoru