Detail publikace

Triplex: an R/Bioconductor package for identification and visualization of potential intramolecular triplex patterns in DNA sequences

HON Jiří, MARTÍNEK Tomáš, RAJDL Kamil a LEXA Matej. Triplex: an R/Bioconductor package for identification and visualization of potential intramolecular triplex patterns in DNA sequences. Bioinformatics, roč. 29, č. 15, 2013, s. 1900-1901. ISSN 1367-4803.
Název česky
Triplex: balíček prostředí R/Bioconductor pro identifikaci a vizualizaci potenciálních intramolekulárních triplexů v DNA sekvencích
Typ
článek v časopise
Jazyk
angličtina
Autoři
Hon Jiří, Ing. (FIT VUT)
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT)
Rajdl Kamil, Mgr. (FI MUNI)
Lexa Matej, Ing., Ph.D. (FI MUNI)
Abstrakt

Motivace: Aktualizace a integrace software triplex do prostředí R/Bioconductor.

Výsledky: Propojili jsme dříve implementovaný algoritmus pro hledání triplexů v DNA s jejich vizualizací a vytvořili víceúčelový balíček s názvem triplex pro prostředí R/Bioconductor. Nový balíček zajišťuje funkce, které mohou být použity pro hledání nukleotidových vzorů schopných tvořit intramolekulární triplexy (H-DNA) jak v genomech Bioconductoru, tak i ostatních DNA sekvencích. Nalezené výskyty je možné zobrazit ve formě 2D a 3D diagramů. S využitím tříd Biostrings a GRanges jsou výsledky vyhledávání plně integrovány do existujícího prostředí Bioconductoru, které umožňuje jejich další využití v rámci ostatních vizualizačních a anotačních balíčků jako jsou GenomeGraphs, rtracklayer nebo Gviz.

Rok
2013
Strany
1900-1901
Časopis
Bioinformatics, roč. 29, č. 15, ISSN 1367-4803
Vydavatel
Oxford University Press
DOI
10.1093/bioinformatics/btt299
UT WoS
000322337000012
BibTeX 
@ARTICLE{FITPUB10445,
   author = "Ji\v{r}\'{i} Hon and Tom\'{a}\v{s} Mart\'{i}nek and Kamil Rajdl and Matej Lexa",
   title = "Triplex: an R/Bioconductor package for identification and visualization of potential intramolecular triplex patterns in DNA sequences",
   pages = "1900--1901",
   journal = "Bioinformatics",
   volume = 29,
   number = 15,
   year = 2013,
   ISSN = "1367-4803",
   doi = "10.1093/bioinformatics/btt299",
   language = "english",
   url = "https://www.fit.vut.cz/research/publication/10445"
}
Nahoru