Detail výsledku

Triplex: an R/Bioconductor package for identification and visualization of potential intramolecular triplex patterns in DNA sequences

HON, J.; MARTÍNEK, T.; RAJDL, K.; LEXA, M. Triplex: an R/Bioconductor package for identification and visualization of potential intramolecular triplex patterns in DNA sequences. BIOINFORMATICS, 2013, vol. 29, no. 15, p. 1900-1901. ISSN: 1367-4803.
Typ
článek v časopise
Jazyk
anglicky
Autoři
Hon Jiří, Ing., Ph.D.
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D., UPSY (FIT)
Rajdl Kamil, Mgr.
Lexa Matej, Ing., Ph.D., UPSY (FIT)
Abstrakt

Motivation: Upgrade and integration of triplex software into the R/Bioconductor framework.

Results: We combined a previously published implementation of a triplex DNA search algorithm with visualization to create a versatile R/Bioconductor package triplex. The new package provides functions that can be used to search Bioconductor genomes and other DNA sequence data for occurrence of nucleotide patterns capable of forming intramolecular triplexes (H-DNA). Functions producing 2D and 3D diagrams of the identified triplexes allow instant visualization of the search results. Leveraging the power of Biostrings and GRanges classes, the results get fully integrated into the existing Bioconductor framework, allowing their passage to other Genome visualization and annotation packages, such as GenomeGraphs, rtracklayer or Gviz.

Klíčová slova

triplex; H-DNA; R; Bioconductor; gene regulation; pattern search;  visualization

Rok
2013
Strany
1900–1901
Časopis
BIOINFORMATICS, roč. 29, č. 15, ISSN 1367-4803
DOI
10.1093/bioinformatics/btt299
UT WoS
000322337000012
BibTeX 
@article{BUT103564,
  author="Jiří {Hon} and Tomáš {Martínek} and Kamil {Rajdl} and Matej {Lexa}",
  title="Triplex: an R/Bioconductor package for identification and visualization of potential intramolecular triplex patterns in DNA sequences",
  journal="BIOINFORMATICS",
  year="2013",
  volume="29",
  number="15",
  pages="1900--1901",
  doi="10.1093/bioinformatics/btt299",
  issn="1367-4803"
}
Projekty
Centrum excelence IT4Innovations, MŠMT, Operační program Výzkum a vývoj pro inovace, ED1.1.00/02.0070, zahájení: 2011-01-01, ukončení: 2015-12-31, ukončen
Pokročilé bezpečné, spolehlivé a adaptivní IT, VUT, Vnitřní projekty VUT, FIT-S-11-1, zahájení: 2011-01-01, ukončení: 2013-12-31, ukončen
Výzkum informačních technologií z hlediska bezpečnosti, MŠMT, Institucionální prostředky SR ČR (např. VZ, VC), MSM0021630528, zahájení: 2007-01-01, ukončení: 2013-12-31, řešení
Pracoviště
Ústav počítačových systémů (UPSY)
Nahoru