Detail publikace

SoluProt: Prediction of Protein Solubility

HON Jiří, MARUŠIAK Martin, MARTÍNEK Tomáš, ZENDULKA Jaroslav, BEDNÁŘ David a DAMBORSKÝ Jiří. SoluProt: Prediction of Protein Solubility. In: DAZ & WIKT 2018 Proceedings. Brno: Vysoké učení technické v Brně, 2018, s. 261-265. ISBN 978-80-214-5679-2.
Název česky
SoluProt: predikce rozpustnosti proteinů
Typ
článek ve sborníku konference
Jazyk
angličtina
Autoři
Hon Jiří, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT)
Marušiak Martin, Ing. (FIT VUT)
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT)
Zendulka Jaroslav, doc. Ing., CSc. (UIFS FIT VUT)
Bednář David, Mgr. (LL)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (LL)
Abstrakt

Nízká rozpustnost je častým důvodem selhání výroby mnoha terapeutických a průmyslově zajímavých proteinů. Experimentální protokoly pro zvýšení rozpustnosti často vykazují nízkou úspěšnost a obvykle vedou ke ztrátě biologické funkce proteinu. Proto každý pokrok v oblasti predikci rozpustnosti proteinů může pomoci významně snížit náklady proteomických studií. V tomto článku představujeme nový softwarový nástroj SoluProt pro predikci rozpustnosti na základě proteinové sekvence. SoluProt vykazuje nevyšší přesnost (58,2 %) a AUC (0,61) ze všech dostupných nástrojů. Přestože je predikční schopnost v absolutním měřítku spíše nízká, SoluProt dokáže do velké míry efektivně prioritizovat proteinové sekvence a tím zvýšit úspěšnost laboratorních experimentů. Lepší predikční schopnost nástroje SoluProt oproti současným přístupům spočívá ve vylepšeném předzpracování silně zašuměné trénovací datové sady a citlivé selekci sekvenčních rysů zahrnutých do predikčního modelu.

Rok
2018
Strany
261-265
Sborník
DAZ & WIKT 2018 Proceedings
Konference
Data a znalosti 2018, Brno, CZ
ISBN
978-80-214-5679-2
Vydavatel
Vysoké učení technické v Brně
Místo
Brno, CZ
BibTeX 
@INPROCEEDINGS{FITPUB11808,
   author = "Ji\v{r}\'{i} Hon and Martin Maru\v{s}iak and Tom\'{a}\v{s} Mart\'{i}nek and Jaroslav Zendulka and David Bedn\'{a}\v{r} and Ji\v{r}\'{i} Damborsk\'{y}",
   title = "SoluProt: Prediction of Protein Solubility",
   pages = "261--265",
   booktitle = "DAZ \& WIKT 2018 Proceedings",
   year = 2018,
   location = "Brno, CZ",
   publisher = "Brno University of Technology",
   ISBN = "978-80-214-5679-2",
   language = "english",
   url = "https://www.fit.vut.cz/research/publication/11808"
}
Nahoru