Fakulta informačních technologií VUT v Brně

Detail publikace

digIS: automated pipeline for detecting distant, novel insertion sequence elements in prokaryotes

PUTEROVÁ Janka a MARTÍNEK Tomáš. digIS: automated pipeline for detecting distant, novel insertion sequence elements in prokaryotes. In: Data & Knowledge 2018. Brno: Vysoké učení technické v Brně, 2018, s. 1-5. ISBN 978-80-214-5679-2.
Název česky
digIS: automatická pipeline pro detekci vzdálených a nových inzerčních sekvencí u prokaryot
Typ
článek ve sborníku konference
Jazyk
angličtina
Autoři
Klíčová slova
inseční sekvence, skryté markovove modely, transpozony, mobilní genetické elementy, transposása
Abstrakt
Inserční sekvence (IS) jsou krátke sekvence DNA (typicky méně než 5 kb) a představuji nejjednodušší transpozibilní prvky. Jsou rozšířené u prokaryot a mohou se vyskytovat ve velkých počtech v jejich genomu. IS hrají důležitou roli ve struktuře a evoluci prokaryotického genomu, například mohou způsobit velké přeuspořádání genomu hostitele nebo inaktivaci genů. Současné nástroje pro detekci a anotaci IS elementů závisí buď na stávajících anotacích genomu nebo na databázích známých IS  elementů a postrádají schopnost generalizace, což vede k neschopnosti detekovat nové IS elementy nebo vzdálené členy jednotlivých IS rodín. Zde uvádíme nový přístup, který řeší tyto nedostatky na základě manuálně upravených pHMM.
Rok
2018
Strany
1-5
Sborník
Data & Knowledge 2018
Konference
Data a znalosti 2018, Brno, CZ
ISBN
978-80-214-5679-2
Vydavatel
Vysoké učení technické v Brně
Místo
Brno, CZ
BibTeX
@INPROCEEDINGS{FITPUB11813,
   author = "Janka Puterov\'{a} and Tom\'{a}\v{s} Mart\'{i}nek",
   title = "digIS: automated pipeline for detecting distant, novel insertion sequence elements in prokaryotes",
   pages = "1--5",
   booktitle = "Data \& Knowledge 2018",
   year = 2018,
   location = "Brno, CZ",
   publisher = "Brno University of Technology",
   ISBN = "978-80-214-5679-2",
   language = "english",
   url = "https://www.fit.vut.cz/research/publication/11813"
}
Nahoru