Detail publikace
EnzymeMiner: Web Server for Automated Mining and Annotation of Soluble Enzymes in Genomic Databases
Borko Simeon, Ing. (FIT VUT)
Marušiak Martin, Ing. (FIT VUT)
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT)
Bednář David, Mgr. (LL)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (LL)
Každý měsíc jsou objeveny miliony nových sekvencí, mezi kterými se mohou vyskytovat nové efektivnější enzymy. Tradiční laboratorní techniky pro charakterizaci proteinů jsou bohužel časově náročné, cenově neefektivní a tím málo propustné. Abychom zlevnili, zrychlili a usnadnili charakterizaci nových enzymů, vyvinuli jsme webový server EnzymeMiner, který umí automaticky hledat nové zástupce rodin enzymů, výsledky prioritizovat a usnadnit výběr sekvencí pro experimentální práci. EnzymeMiner pro svůj běh využívá databáze NCBI nr, BioProject a Taxonomy a řadu existujících bioinformatických nástrojů. Pro prioritizaci sekvencí jsem využili vlastní nástroj SoluProt [2], který slouží k predikci rozpustnosti proteinových sekvencí. EnzymeMiner poskytuje interaktivní uživatelsky přívětivé rozhraní, které usnadňuje výběr nových zajímavých enzymů. Jediným požadovaným vstupem je EC číslo enzymu. Díky EnzymeMineru bylo identifikováno množství nových haloalkan dehalogenáz s netypickými vlastnostmi [1] a předpokládá se další využití EnzymeMineru k hledání jiných typů enzymů.
[1] Vanacek et al. 2018, Exploration of Enzyme Diversity by Integrating Bioinformatics with Expression Analysis and Biochemical Characterization. ACS Catalysis 8: 2402-2412
[2] Hon et al. 2019, SoluProt: Prediction of Protein Solubility. Bioinformatics (in preparation)