Detail publikace

Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction using FireProtASR

KHAN Rayyan T., MUSIL Miloš, ŠTOURAČ Jan, DAMBORSKÝ Jiří a BEDNÁŘ David. Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction using FireProtASR. Current Protocols, roč. 1, č. 2, 2021, s. 1-5. ISSN 1934-3396. Dostupné z: https://currentprotocols.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/cpz1.30
Název česky
Plně automatizovaná ancestrální rekonstrukce s využitím FireProtASR
Typ
článek v časopise
Jazyk
angličtina
Autoři
Khan Rayyan T., M.Sc. (LL)
Musil Miloš, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT)
Štourač Jan (LL)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (LL)
Bednář David, Mgr. (LL)
URL
Klíčová slova

ancestrální rekonstrukce, stabilní proteiny, proteinové inženýrství, specificita

Abstrakt

Evoluce proteinů a proteinové inženýrství jsou významné v oblasti vědy i v průmyslových aplikacích jako je medicína nebo biotechnologie. Ancestrální rekonstrukce je metoda určená pro průzkum evolučních vztahů and návrh robustních proteinů s dobrou termální stabilitou a širokou substrátovou specificitou. Následující protokol popisuje nastavení a spuštění automatizované metody FireProtASR s využitím k tomu určené webové aplikace. Nástroj umož%nuje provést inferenci anstrálních sekvencí plně automatizovaně s využitím pouze jediné sekvence. Po odeslání sekvence, server sestaví dataset homologních sekvencí, vytvoří vícenásobné zarovnání, postaví fylogenetický strom a zrekonstruuje ancestrální uzly. Protokol je velmi flexibilní a umožňuje několik různých vstupů, pokročilé nastavení a spouštění z i) jedné sekvence, ii) sady homologních sekvencí, iii) vícenásobného zarovnání, a iv) fylogenetického stromu. Metoda automatizuje všechny kroky výpočtu a nabízí tak začátečníkům s limitovanou znalostí ancestrální rekonstrukce vylepšit vlastnosti jejich proteinů. Metoda může být využita k zanesení katalytické promiskuity do vybraného enzymu. Web server je volně dostupný na adrese https://loschmidt.chemi.muni.cz/fireprotasr/

Rok
2021
Strany
1-5
Časopis
Current Protocols, roč. 1, č. 2, ISSN 1934-3396
Vydavatel
WILEY
DOI
10.1002/cpz1.30
EID Scopus
2-s2.0-85102178516
BibTeX 
@ARTICLE{FITPUB12273,
   author = "T. Rayyan Khan and Milo\v{s} Musil and Jan \v{S}toura\v{c} and Ji\v{r}\'{i} Damborsk\'{y} and David Bedn\'{a}\v{r}",
   title = "Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction using FireProtASR",
   pages = "1--5",
   journal = "Current Protocols",
   volume = 1,
   number = 2,
   year = 2021,
   ISSN = "1934-3396",
   doi = "10.1002/cpz1.30",
   language = "english",
   url = "https://www.fit.vut.cz/research/publication/12273"
}
Nahoru