Detail publikace

FireProtDB: Database of Manually Curated Protein Stability Data

ŠTOURAČ Jan, DÚBRAVA Juraj Ondrej, MUSIL Miloš, HORÁČKOVÁ Jana, MAZURENKO Stanislav, DAMBORSKÝ Jiří a BEDNÁŘ David. FireProtDB: Database of Manually Curated Protein Stability Data. Nucleic Acids Research, roč. 49, č. 1, 2020, s. 319-324. ISSN 1362-4962. Dostupné z: https://academic.oup.com/nar/article/49/D1/D319/5964070
Název česky
FireProtDB: Databáze manuálně zkontrolovaných dat proteinových stabilit
Typ
článek v časopise
Jazyk
angličtina
Autoři
Štourač Jan (LL)
Dúbrava Juraj Ondrej, Ing. (FIT VUT)
Musil Miloš, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT)
Horáčková Jana, Mgr. (LL)
Mazurenko Stanislav, Ph.D. (LL)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (LL)
Bednář David, Mgr. (LL)
URL
Klíčová slova

stabilní data, proteinové inženýrství, stabilizace proteinů, stabilní mutace

Abstrakt

Majorita v přírodě se vyskytujících proteinů se vyvinula k funkci v mírných podmínkách. Jednou z největších překážek při využití proteinů v biotechnologii je jejich nedostatečná stabilita ve vyšších teplotách nebo v přítomnosti solí. Jelikož experimentální postupy pro stabilizaci proteinů jsou velmi časově a finančně nákladné, in silico přístupy jsou často používané pro zúžení možných mutací pro jejich výběr k experimentální práci. Nedávné pokroky v oblasti strojového učení umožnily vývoj takových výpočetních nástrojů. Nicméně, přesnost těchto prediktorů je silně závislá na kvalitě a množství dostupných dat, které byly mnohými studiemi shledány jako nedostatečné. FireProtDB byla navržena, aby adresovala dříve publikované problémy současných databází. Databáze kombinuje publikované datasety společně s daty extrahovanými z nových publikací a dat získaných z naší laboratoře. Její uživatelské rozhraní je navrženo tak aby bylo přístupné pro oba předpokládané způsoby použití: interaktivní analýzu jednotlivých mutací na level proteinu, mutace nebo sekvence; a pro konstrukci uživatelských datasetů pro strojové učení. Databáze je zdarma dostupná na https://loschmidt.chemi.muni.cz/fireprotdb.

Rok
2020
Strany
319-324
Časopis
Nucleic Acids Research, roč. 49, č. 1, ISSN 1362-4962
Vydavatel
Oxford University Press
DOI
10.1093/nar/gkaa981
UT WoS
000608437800041
EID Scopus
2-s2.0-85099428147
BibTeX 
@ARTICLE{FITPUB12274,
   author = "Jan \v{S}toura\v{c} and Ondrej Juraj D\'{u}brava and Milo\v{s} Musil and Jana Hor\'{a}\v{c}kov\'{a} and Stanislav Mazurenko and Ji\v{r}\'{i} Damborsk\'{y} and David Bedn\'{a}\v{r}",
   title = "FireProtDB: Database of Manually Curated Protein Stability Data",
   pages = "319--324",
   journal = "Nucleic Acids Research",
   volume = 49,
   number = 1,
   year = 2020,
   ISSN = "1362-4962",
   doi = "10.1093/nar/gkaa981",
   language = "english",
   url = "https://www.fit.vut.cz/research/publication/12274"
}
Nahoru