Detail publikace

CalFitter: a web server for analysis of protein thermal denaturation data

BEDNÁŘ David, DAMBORSKÝ Jiří, KUNKA Antonín, MAZURENKO Stanislav, NEDELJKOVIĆ Sava, PROKOP Zbyněk a ŠTOURAČ Jan. CalFitter: a web server for analysis of protein thermal denaturation data. Nucleic Acids Research, roč. 46, č. 1, 2018, s. 344-349. ISSN 1362-4962. Dostupné z: https://academic.oup.com/nar/article/46/W1/W344/4995690
Název česky
CalFitter: webový server pro analýzu dat tepelné denaturace proteinů
Typ
článek v časopise
Jazyk
angličtina
Autoři
Bednář David, Mgr. (LL)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (PřF MUNI)
Kunka Antonín, Mgr., Ph.D. (LL)
Mazurenko Stanislav, Ph.D. (LL)
Nedeljković Sava, Bc. (FIT VUT)
Prokop Zbyněk, doc. RnDr., Ph.D. (LL)
Štourač Jan (LL)
URL
Abstrakt

Navzdory významnému pokroku v porozumění vztahům mezi strukturou a funkcí proteinů představuje odhalení drah skládání proteinů stále výzvu kvůli omezenému počtu relevantních experimentálních nástrojů. Široce používané experimentální techniky, jako je kalorimetrie nebo spektroskopie, kriticky závisí na správné analýze dat. V současné době existují pouze samostatné nástroje pro analýzu dat pro každý typ experimentu s omezeným výběrem modelu. Abychom tento problém vyřešili, vyvinuli jsme webový server CalFitter jako jednotnou platformu pro komplexní přizpůsobení dat a analýzu dat tepelné denaturace proteinů. Server umožňuje simultánní přizpůsobení globálních dat pomocí libovolné kombinace vstupních datových typů a nabízí výběr dvanácti modelů rozložení dráhy proteinu pro výběr, včetně nevratných přechodů, které často chybí u jiných nástrojů. Přizpůsobení dat produkuje optimální parametry, jejich intervaly spolehlivosti a statistické informace k definování cest rozvíjení. Server poskytuje interaktivní a snadno použitelné rozhraní, které umožňuje uživatelům přímo analyzovat vstupní datové sady a simulovat modelovaný výstup na základě parametrů modelu. Webový server CalFitter je k dispozici zdarma na https://loschmidt.chemi.muni.cz/calfitter/.

Rok
2018
Strany
344-349
Časopis
Nucleic Acids Research, roč. 46, č. 1, ISSN 1362-4962
Vydavatel
Oxford University Press
DOI
10.1093/nar/gky358
UT WoS
000438374100055
EID Scopus
2-s2.0-85050893810
BibTeX 
@ARTICLE{FITPUB12474,
   author = "David Bedn\'{a}\v{r} and Ji\v{r}\'{i} Damborsk\'{y} and Anton\'{i}n Kunka and Stanislav Mazurenko and Sava Nedeljkovi\'{c} and Zbyn\v{e}k Prokop and Jan \v{S}toura\v{c}",
   title = "CalFitter: a web server for analysis of protein thermal denaturation data",
   pages = "344--349",
   journal = "Nucleic Acids Research",
   volume = 46,
   number = 1,
   year = 2018,
   ISSN = "1362-4962",
   doi = "10.1093/nar/gky358",
   language = "english",
   url = "https://www.fit.vut.cz/research/publication/12474"
}
Nahoru