Detail publikace

SoluProtMutDB: A manually curated database of protein solubility changes upon mutations

VELECKÝ Jan, HAMŠÍKOVÁ Marie, ŠTOURAČ Jan, MUSIL Miloš, DAMBORSKÝ Jiří, BEDNÁŘ David a MAZURENKO Stanislav. SoluProtMutDB: A manually curated database of protein solubility changes upon mutations. Computational and Structural Biotechnology Journal, roč. 20, č. 1, 2022, s. 6339-6347. ISSN 2001-0370.
Název česky
SoluProtMutDB: manuálně spravovaná databáze proteinové solubility při zanesení mutace
Typ
článek v časopise
Jazyk
angličtina
Autoři
Velecký Jan, Ing. (FIT VUT)
Hamšíková Marie (LL)
Štourač Jan (LL)
Musil Miloš, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (LL)
Bednář David, Mgr. (LL)
Mazurenko Stanislav, Ph.D. (LL)
URL
Klíčová slova

Mutační databáze, proteinové inženýrství, výtěžek proteinů, strojové učení, agregace proteinů

Abstrakt

Rozpustnost proteinu je atraktivním cílem především díky svému vztahu k výtěžkům při produkci a výrobě proteinů. Lepší znalost mutačních účinků na rozpustnost proteinů by navíc mohla spojit několik závažných lidských onemocnění s agregací proteinů. Máme však omezené znalosti o proteinových strukturních determinantech rozpustnosti a dostupné údaje jsou zpravidla těžko dohledatelné. Zde představujeme SoluProtMutDB první databázi obsahující data o změnách rozpustnosti proteinů po mutacích. Naše databáze obsahuje 33 000 měření 17 000 variant proteinů ve 103 různých proteinech. Databáze může sloužit jako základní zdroj informací pro výzkumníky, kteří navrhují vylepšené varianty proteinů, nebo pro ty, kteří vyvíjejí nástroje využívající strojového učení k předpovídání účinků mutací na rozpustnost. Databáze obsahuje všechny dříve publikovaná data o rozpustnosti a tisíce nových datových bodů z nedávných publikací, včetně experimentů se skenováním hlubokých mutací. Navíc obsahuje mnoho dostupných experimentálních podmínek, o kterých je známo, že ovlivňují rozpustnost proteinu. Datové sady byly ručně upraveny s podstatnými opravami, což zlepšilo vhodnost pro aplikace strojového učení. Databáze je dostupná na loschmidt.chemi.muni.cz/soluprotmutdb.

Rok
2022
Strany
6339-6347
Časopis
Computational and Structural Biotechnology Journal, roč. 20, č. 1, ISSN 2001-0370
Vydavatel
Research Network of Computational and Structural Biotechnology
DOI
10.1016/j.csbj.2022.11.009
EID Scopus
2-s2.0-85142188313
BibTeX 
@ARTICLE{FITPUB12917,
   author = "Jan Veleck\'{y} and Marie Ham\v{s}\'{i}kov\'{a} and Jan \v{S}toura\v{c} and Milo\v{s} Musil and Ji\v{r}\'{i} Damborsk\'{y} and David Bedn\'{a}\v{r} and Stanislav Mazurenko",
   title = "SoluProtMutDB: A manually curated database of protein solubility changes upon mutations",
   pages = "6339--6347",
   journal = "Computational and Structural Biotechnology Journal",
   volume = 20,
   number = 1,
   year = 2022,
   ISSN = "2001-0370",
   doi = "10.1016/j.csbj.2022.11.009",
   language = "english",
   url = "https://www.fit.vut.cz/research/publication/12917"
}
Nahoru