Detail publikace
FireProt 2.0: Web-based Platform for the Fully-Automated Design of Thermostable Proteins
Ježík Andrej, Bc. (FIT VUT)
Borko Simeon, Ing. (FIT VUT)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (PřF MUNI)
Bednář David, Mgr. (LL)
proteinové inženýrství, termostabilní proteiny, predikce vícebodových mutantů, stabilita proteinů
Stabilní proteiny nacházejí své uplatnění v medicíně i biotechnologiích. Bohužel, výpočetní návrh stabilních proteinů je obtížným úkolem, který zpravidla vede k návrhu pouze jednobodových mutací s malým vlivem na stabilitu proteinu.
FireProt 2.0 staví na dříve publikovaném FireProt webu. Zachovává veškerou jeho původní funkcionalitu, která je dále rozšířena o několik nových strategií a zlepšení původního návrhu. Ve srovnání se svým předchůdcem, nový FireProt poskytuje uživatelům návrhy vícebodových mutantů zkonstruovaných s použitím Bron-Kerboschova algoritmu, který je využit pro minimalizaci antagonismu mezi jednotlivými mutacemi.
Dále je nyní možné omezit výpočet na sadu uživatelsky definovaných mutací, sběhnout saturační mutagenesi celého proteinu, či navrhnout mutace na základě flexibility. Ancestrální rekonstrukce je nyní využita jako alternativní evoluční strategie. FireProt navíc integruje databázi AlphaFold a homologní modelování s využitím ProMod3.
Nová verze je také výrazně rychlejší ve srovnání se svým předchůdcem. Potřebný výpočetní čas byl zkrácen z týdne na přibližně 1-2 dny. Přepracované uživatelské rozhraní navíc umožňuje použití nástroje i uživatelům se slabším hardwarem.